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服务器上安装Rstudio-server

服务器上安装Rstudio-server

作者: caokai001 | 来源:发表于2021-10-10 17:43 被阅读0次

    R语言是生信分析、数据挖掘最常用最好用的软件之一,得到了广大生信工程师、数据分析师的厚爱。Rstudio 是 R 的集成开发环境,使得R语言的用户体验更强。
    以下安装均在管理员账号下完成,或者个人账号下有管理员授权(sudo);单纯个人账号下安装 R 语言可以使用 Anaconda(conda install r-base),但是无法完成 Rstudio-server 的安装和使用。

    方法1:使用Docker安装

    参考:

    「r<-教程」R Docker 教程
    在linux(ubuntu)中使用网页版的rstudio
    docker 安装Rstudio,远程生成图表
    Rstudio Server + Docker + tensorflowR - 云端安装与使用R语言与GPU深度学习
    Rstudio Server的安装和使用(附常见问题)
    如何修改RStudio Server密码


    实践:

    第一步:安装Docker,详见官网

    https://docs.docker.com/get-started/

    第二步:pull 镜像到本地,在宿主机上创建/home/kcao/R 文件夹,并运行运行Rstudio容器

    • 将本地文件夹/home/rstudio/r-docker-tutorial 挂载到docker实例文件夹/home/rstudio/r-docker-tutorial中
    • 启动端口8787;
    $ mkdir -p  /home/kcao/R
    $ docker run -d  -e PASSWORD=xxxxxx -v /home/rstudio/r-docker-tutorial:/home/rstudio/r-docker-tutorial --name rstuido -p 8787:8787 rocker/rstudio
    

    第三步:设置xshell隧道

    设置8787端口

    img

    第四步:在本地浏览器中使用Rstudio

    username:rstudio
    password:就是第二步中设置的 xxxxxx

    效果:http://localhost:8787/

    img

    第五步:设置腾讯云防火墙,开放8787端口

    如果想直接通过IP进行登录,类似访问网页那种效果,有一个浏览器就可以打开,甚至ipad上面也可以编程;

    img

    第六步:效果:

    通过IP+端口,通过不同设备访问Rstudio ;
    http://49.235.78.63:8787/
    账号密码同上;


    img

    方法2:自己手动安装

    参考:

    如何在 CentOS 系统上安装 Rstudio-server
    https://zhuanlan.zhihu.com/p/101988060
    查看Redhad7.6版本系统上防火墙状态时,看到了下面的提示
    https://www.cnblogs.com/wayneliu007/p/10372601.html
    在服务器中使用R--RStudio Server


    实践:

    第一步:R 语言的安装(yum install)

    进入管理员账号并安装的代码如下:

    yum -y install epel-release
    yum -y install R
    

    第二步:Rstudio-server 安装

    登录 Rstudio 官网(RStudio | Open source & professional software for data science teams),在 Products 选项卡中选择 Rstudio Server,而后找到并选择 DOWNLOAD SERVER 如图:

    img
    img
    img
    img

    第三步:必要的设置

    • 查看安装位置
    $ which rstudio-server
    $ which R
    
    • 确定安装路径,并添加文件 rserver.conf
    $ vim /etc/rstudio/rserver.conf
    
    # Server Configuration File
    www-port = 8790
    rsession-which-r=/usr/bin/R
    auth-timeout-minutes=0
    auth-stay-signed-in-days=30
    
    • 其中 rsession-which-r= 后面为 R 的安装路径。然后保存退出,并添加文件 rsession.conf. 保存退出。
    $ vim /etc/rstudio/rsession.conf
    
    # R Session Configuration File
    www-port = 8787
    
    • 配置也大致完成,最后还有防火墙设置。先关闭系统防火墙:打开 Rstudio-server,并查看状态:
    $ systemctl stop firewalld.service
    
    $ rstudio-server start
    $ rstudio-server status
    
    (base) [17:19:35] root@VM-4-4-centos:~
    $ rstudio-server status
    ● rstudio-server.service - RStudio Server
       Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/rstudio-server.service; enabled; vendor preset: disabled)
       Active: active (running) since Sun 2021-10-10 17:19:35 CST; 2s ago
      Process: 23222 ExecStop=/usr/bin/killall -TERM rserver (code=exited, status=0/SUCCESS)
      Process: 23223 ExecStart=/usr/lib/rstudio-server/bin/rserver (code=exited, status=0/SUCCESS)
     Main PID: 23233 (rserver)
        Tasks: 3
       Memory: 86.8M
       CGroup: /system.slice/rstudio-server.service
               └─23233 /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver
    
    Oct 10 17:19:35 VM-4-4-centos systemd[1]: Starting RStudio Server...
    Oct 10 17:19:35 VM-4-4-centos systemd[1]: Started RStudio Server.
    
    • 此时可以访问 Rstudio-server 了,但是防火墙需要设置一个端口为 8790(Rstudio-server的端口)的白名单(--permanent 表示永久):
    firewall-cmd --zone=public --add-port=8790/tcp --permanent 
    
    • 最后别忘了重新打开防火墙,并查看状态:
    $ systemctl start firewalld.service
    $ systemctl status firewalld.service
    
    img

    第四步:一些必要的插件

    为了后续的使用以及 R 包的安装,需要安装一些插件,如下:

    $ yum -y install openssl-devel libxml2-devel zlib java gcc-gfortran gcc gcc-c++ readline-devel libXt-devel bzip2-devel bzip2-libs xz-devel pcre-devel libcurl-devel libxslt-devel aspell-devel openldap libjpep-devel gmp-devel mpfr-devel cairo-devel proj-devel gdal-devel libtiff-devel librsvg2-devel udunits2-devel
    

    第五步:其他

    • 此时直接通过IP访问还是不行,需要开启腾讯云服务器上面的防火墙端口


      img
    • 最后一步:添加一个普通账户
      前面都是用root账号在安装操作,但RStudio Server基于安全考虑不允许使用root账号登录,因此,我们需要创建一个新的账号来使用RStudio Server。

    类似下面的操作:


    img

    第六步:最终效果

    http://49.235.78.63:8790/
    账户&密码:见第五步操作;

    img

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