RNA-Seq(1)——构建hg38索引（bowtie2）

1、下载hg38文件

​ UCSC官网下载hg38文件，网址http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/，进入到如下界面：

我们可以下载其中的hg38.fa.gz 和质量控制文件md5sum.txt。我直接点击下载了。下载完之后，首先用md5sum.txt进行完整性检验。

> cat md5sum.txt
dcc3ea27079aa6dc3f9deccd7275e0f8  hg38.2bit
1d97953254e25acd112a94895f01c039  hg38.agp.gz
1c9dcaddfa41027f17cd8f7a82c7293b  hg38.fa.gz
435423b167c13a2388d5691dc10a4750  hg38.fa.masked.gz
820796b72974d077281b3386c4fb8295  hg38.fa.out.gz
7645bc6e919eeb19bfc62451afc3c248  hg38.trf.bed.gz
a5aa5da14ccf3d259c4308f7b2c18cb0  hg38.chromFa.tar.gz
e9fddcb1663dd303f1f5d6cbb71d6a82  hg38.chromFaMasked.tar.gz
92910523b903753216ac18945c788d81  hg38.fa.align.gz
273fedff7f16fa2bed0d70c75f79caa2  hg38.gc5Base.wigVarStep.gz
9ed58d68e0998d511a8a58f4f748ce84  hg38.gc5Base.wib
c82fddc1c8ce3120cb5863f7384ed177  hg38.gc5Base.wig.gz
> echo 1c9dcaddfa41027f17cd8f7a82c7293b  hg38.fa.gz > check_md5sum_hg38.txt #复制hg38.fa.gz的MD5号到另一个新的文件中
> md5sum -c check_md5_hg38.txt #验证
hg38.fa.gz: 成功

然后命令行解压。

gunzip hg38.fa.gz

由于文件解压出来后较大，可能会解压很长时间，等一会就好。
解压出来的hg38.fa文件可以用于后续使用。

2、 建立索引（bowtie2）

文件准备：hg38.fa

source activate wes #进入到conda小环境
bowtie2-build hg38.fa hg38 #bowtie2 建立索引

建立索引的时间真的超级长！！！
可以挂到服务器后台运行

nohup bowtie2-build hg38.fa hg38 & > nohup01.out