首先是R语言基本的笔记

（1）R的赋值符号不是等号，而是<-
（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行
（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。
（4）显示工作路径getwd()
　　设置工作路径 setwd("C:/Users/wanghui/Desktop/Rdata")
（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
（6）表格在R语言中改名叫数据框
（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。
（8）数据类型（重点只有两个，剩下的不看）
向量（vector）👈重要
矩阵（Matrix）
数组（Array）
数据框（Data frame）👈重要
List
-----------------------转自生信星球

R语言中的数据类型

数据类型有好多种，如上面所写，但是生信需要掌握的是向量和数据框。

向量

基本概念：
元素：指的是数字或者字符串（用chr表示）等；字符串--“名字”
标量：一个元素组成的变量；
向量：多个元素组成的变量。

问题：什么是变量？变量有什么用？
答：编程的本质就是对内存中数据的访问和修改。程序所用到的数据都会保存在内存中，程序员需要一种机制来访问或修改内存中的数据，而这种机制就是变量，每一个变量都代表了一小块内存，而变量是有名字的，程序对变量赋值，其实就是把数据装入该变量所代表的内存区的过程，同样道理，程序读取变量的值，实际上就是从该变量所代表的内存区取值的过程。形象的理解：变量相当于有名字的容器，该容器用于装载不同类型的数据。
--------------------------疯狂java讲义

变量包括标量和向量。
使用变量时，需要“赋值”，如下面生信星球的示例：

x<-c(1,2,3) #常用的向量定义写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x<-(1:10) #从1-10之间所有的整数
x<-seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意这里是逗号不是分号）
x<-rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次

变量赋值

从向量中提取元素

（1）根据元素位置

#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了……
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

走一遍代码

（2）根据值的大小

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

走一遍代码

数据框

从公众号“生信星球”后台回复“数据类型”获得两个txt文件。

1.读取本地数据

read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T) #读取文件，分隔符为Tab，有表头 

a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)#把这个数据框赋给一个变量a 

2.设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

3.数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号） 

4.变量的保存与重新加载

#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(frame1,file="frame1.RData")#保存其中一个变量
load("frame1.RData")#再次使用RData时的加载命令

5.提取元素

- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列（横着写，这是不够懒也不够优秀却能存在的写法）
- X[y] #第y列（竖着写，这是懒惰又优秀的写法）
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

以上代码均复制于生信星球花花写的代码，在实际运用中要根据自己的实际情况修改。

Day5学习

选修部分跑了一遍代码，已把代码作为脚本保存。

保存脚本