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学习小组Day5笔记--风云

学习小组Day5笔记--风云

作者: 风起云涌龙 | 来源:发表于2018-10-27 11:02 被阅读20次

首先是R语言基本的笔记

(1)R的赋值符号不是等号,而是<-
(2)在Console 控制台输入命令,相当于Linux的命令行
(3)R的代码都是带括号的,括号必须是英文的。
(4)显示工作路径getwd()
  设置工作路径 setwd("C:/Users/wanghui/Desktop/Rdata")
(5)向量是由元素组成的,元素可以是数字或者字符串。
(6)表格在R语言中改名叫数据框
(7)别只复制代码,要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时,除了百度/谷歌搜索以外,用这个命令查看帮助:?read.table,调出对应的帮助文档,翻到example部分研究一下。
(8)数据类型(重点只有两个,剩下的不看)
向量(vector)👈重要
矩阵(Matrix)
数组(Array)
数据框(Data frame)👈重要
List
-----------------------转自生信星球

R语言中的数据类型

数据类型有好多种,如上面所写,但是生信需要掌握的是向量和数据框。

向量

基本概念:
元素:指的是数字或者字符串(用chr表示)等;字符串--“名字”
标量:一个元素组成的变量;
向量:多个元素组成的变量。

问题:什么是变量?变量有什么用?
答:编程的本质就是对内存中数据的访问和修改。程序所用到的数据都会保存在内存中,程序员需要一种机制来访问或修改内存中的数据,而这种机制就是变量,每一个变量都代表了一小块内存,而变量是有名字的,程序对变量赋值,其实就是把数据装入该变量所代表的内存区的过程,同样道理,程序读取变量的值,实际上就是从该变量所代表的内存区取值的过程。形象的理解:变量相当于有名字的容器,该容器用于装载不同类型的数据。
--------------------------疯狂java讲义

变量包括标量和向量。
使用变量时,需要“赋值”,如下面生信星球的示例:

x<-c(1,2,3) #常用的向量定义写法,意为将x定义为由元素1,2,3组成的向量。
x<-(1:10) #从1-10之间所有的整数
x<-seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数(注意这里是逗号不是分号)
x<-rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
变量赋值

从向量中提取元素

(1)根据元素位置

#这里的x是你刚才赋值的变量名,根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法,除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了……
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
走一遍代码

(2)根据值的大小

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c(1,2,5)中的元素
走一遍代码

数据框

从公众号“生信星球”后台回复“数据类型”获得两个txt文件。

1.读取本地数据

read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T) #读取文件,分隔符为Tab,有表头 

a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)#把这个数据框赋给一个变量a 

2.设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号,1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据,左上角第一格为空,R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

3.数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号,字符串不加双引号(默认格式带由双引号) 

4.变量的保存与重新加载

#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(frame1,file="frame1.RData")#保存其中一个变量
load("frame1.RData")#再次使用RData时的加载命令

5.提取元素

- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列(横着写,这是不够懒也不够优秀却能存在的写法)
- X[y] #第y列(竖着写,这是懒惰又优秀的写法)
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列(优秀写法,而且这个命令还优秀到不用写括号的地步,并且支持Tab自动补全哦,不过只能提取一列)
以上代码均复制于生信星球花花写的代码,在实际运用中要根据自己的实际情况修改。
Day5学习

选修部分跑了一遍代码,已把代码作为脚本保存。


保存脚本

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