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Tips | 基于物种科学双名列表获取物种进化树(带推测的演化时

Tips | 基于物种科学双名列表获取物种进化树(带推测的演化时

作者: 生信石头 | 来源:发表于2023-07-27 20:42 被阅读0次

    Emmm,相关推文前述邀请了朋友写过,不过今天老邱问我能不能优化一下 TBtools 的进化树解析功能时,我还是看了一下,发现,用「TimeTree」网站,基于物种双名获取一棵物种树,真的很简单。
    首先,准备一个物种双名列表,比如

    Parus_major
    Cyanistes_caeruleus
    Taeniopygia_guttata
    Lonchura_striata
    Pseudopodoces_humilis
    Corvus_cornix_cornix
    Corvus_brachyrhynchos
    Pipra_filicauda
    Corapipo_altera
    Manacus_vitellinus
    Neopelma_chrysocephalum
    Falco_naumanni
    Falco_rusticolus
    Picoides_pubescens
    Tyto_alba
    Aquila_chrysaetos_chrysaetos
    Haliaeetus_leucocephalus
    Calypte_anna
    Coturnix_japonica
    Numida_meleagris
    Anser_cygnoides
    Cygnus_olor
    Aythya_fuligula
    Nothoprocta_perdicaria
    

    随后,直接打开 TimeTree 网站

    http://timetree.org/
    

    浏览页面末端



    选择完成后,点击 Upload



    随后等待即可


    如此,搞定。至于要怎么得到一个简单的进化树文件,逻辑上可以用 EasyCodeML 的小功能。或许后续我可以专门写一个功能来清理进化树。(PS:似乎可以用 TBtools 进行进化树可视化后提取树文本,anyway,清理不清理,逻辑上不影响后续使用)...
    我翻了下前面的教程,似乎也包括了,不过用的是 MEGA清理。

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