Emmm,相关推文前述邀请了朋友写过,不过今天老邱问我能不能优化一下 TBtools 的进化树解析功能时,我还是看了一下,发现,用「TimeTree」网站,基于物种双名获取一棵物种树,真的很简单。
首先,准备一个物种双名列表,比如
Parus_major
Cyanistes_caeruleus
Taeniopygia_guttata
Lonchura_striata
Pseudopodoces_humilis
Corvus_cornix_cornix
Corvus_brachyrhynchos
Pipra_filicauda
Corapipo_altera
Manacus_vitellinus
Neopelma_chrysocephalum
Falco_naumanni
Falco_rusticolus
Picoides_pubescens
Tyto_alba
Aquila_chrysaetos_chrysaetos
Haliaeetus_leucocephalus
Calypte_anna
Coturnix_japonica
Numida_meleagris
Anser_cygnoides
Cygnus_olor
Aythya_fuligula
Nothoprocta_perdicaria
随后,直接打开 TimeTree 网站
http://timetree.org/
浏览页面末端
选择完成后,点击 Upload
随后等待即可
如此,搞定。至于要怎么得到一个简单的进化树文件,逻辑上可以用 EasyCodeML 的小功能。或许后续我可以专门写一个功能来清理进化树。(PS:似乎可以用 TBtools 进行进化树可视化后提取树文本,anyway,清理不清理,逻辑上不影响后续使用)...
我翻了下前面的教程,似乎也包括了,不过用的是 MEGA清理。
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