实用 | PCR 引物特异性？用Primer Check检测一下

写在前面

小时候，我在 TBtools 中写了一个功能，“Primer Check (Simple e-PCR)”

。可以用于简单的 PCR 引物特异性检测，需要用户提供两个输入：

1. 用于检测引物特异性的序列库，如带扩增材料的 DNA 序列或者是转录组序列全集，具体看需要而定

2. 正反向引物序列
   使用效果如下

   
   
   

   看起来挺好用的，我也多少知道有一些朋友在使用，不过这个功能存在明显缺陷：

3. 运行速度非常慢，因为用的是最简单的字符串搜索和编辑距离计算方法（我小时候写的嘛，可以理解）
4. 未考虑热力学效果，仅仅基于字符串匹配与否
5. 引物 3端往往最重要，一般最后14bp
6. 成对引物之间的 Tm 值差异
   ....

当然还有其他。既然不完美，那就值得改进。于是推出“Prime Check”插件。

Primer Check 插件

具体结果如下

1. 支持与 BLAST Zone 类似的项目管理，意味着一对引物其实可以同时检测基因组序列上的扩增情况和转录组上的扩增情况，这点在设计 qPCR 引物时特别有用，尤其适用于检测是否引物跨越内含子等
2. 输入引物一般建议是一对一对看，Fasta 格式，如果是多条，那么会将所有引物做配对组合全部输出，相当于引物Mix，具体看需要来定
3. 引物检测结果信息全面，包含Tm值等计算，方便确定引物是否合适，确定 PCR 退火温度等

Totally 2 valid amplicons.
==>> Amplicon 1
Length: 2086
Penalty: 6.479074348365462
Location: AT5G13130.2:6-2091
Forward Primer Name: primer_1_F
Forward Primer Tm: 60.11°
Forward Primer Sequence: ATGGCCGAATCTGGCAGTAC
Reverse Primer Name: primer_1_R
Reverse Primer Tm: 49.12°
Reverse Primer Sequence: TTACAAAATGCGTTTTCC
Amplicon Sequence: CGAATCTGGCAGTACTAA...(省略)...GAAAACGCATTTTGTAA
==>> Amplicon 2
Length: 2122
Penalty: 6.515074348365462
Location: AT5G13130.1:6-2127
Forward Primer Name: primer_1_F
Forward Primer Tm: 60.11°
Forward Primer Sequence: ATGGCCGAATCTGGCAGTAC
Reverse Primer Name: primer_1_R
Reverse Primer Tm: 49.12°
Reverse Primer Sequence: TTACAAAATGCGTTTTCC
Amplicon Sequence: CGAATCTGGCAGTACTAACC...(省略)...AAACGCATTTTGTAA

插件的安装与使用

《TBtools Cookbook》 - 写给「TBtools」所有用户的参考手册 https://www.yuque.com/cjchen/hirv8i
你想知道的，都在里面了：

1. 软件/数据库的下载/更新
2. 对应功能的使用说明与具体示例
3. 常见问题 FAQ 及解决方案
4. 如何有效提出 TBtools 使用问题从而快速获得回复并得到解决

插件的获取