首先，它俩根本不是一个概念。

三层架构是一个分层式的软件体系架构设计，它可适用于任何一个项目。
MVC是一个设计模式，它是根据项目的具体需求来决定是否适用于该项目。
那么架构跟设计模式有什么区别呢？
我们从接手一个项目开始，首先，我们需要进行架构设计，一般我们采用的就是分层式的架构设计，即我们的三层架构。
　　然后，在确定了架构以后，我们再根据项目的具体需求去考虑是否需要应用一些设计模式，比如是否应用我们的MVC模式，抽象工厂模式等等。（在这里我们看出，MVC与三层架构不是一个等级的，而与抽象工厂等设计模式才是一路的）
　　最后，确定了模式以后，就是我们的一些具体的实现了。（当然一个项目不仅仅考虑这些问题，我只是为了说明两者的区别，将其他问题已省略）
其次，它俩划分的层次不同。
　　三层架构将整个项目划分为：表现层（UI）、业务逻辑层（BLL）、数据访问层（DAL）。
　　MVC 即Model（模型），View（视图），Controller（控制）。
　　下面看一下他俩的区别与联系：

　　通过这个图我们可以知道，我们平常所说的V是UI，C是BLL，M是DAL的观点是错误的。
　　而我们通常所见到的MVC一般也都是在应用三层架构的基础上，即将Model层再进行分层。而如果Model不再进行划分的话，那么使用MVC的意义也就不大了。

然后，它俩的目的着重点不同。

三层架构的目的着重点是“高内聚，低耦合”，即解耦。
　　MVC的目的则是实现Web系统的职能分工，即职责划分。
　　其实职责划分也是解耦，但是三层侧重的是整体的一个解耦，而MVC侧重的是web系统的解耦，即侧重jsp和Servlet的一个解耦。

最后，为何我们会将其混为一谈？

既然两者有这么多的不同，我们为什么还总是将其混淆呢，下面我列举了几个我们常常将其混为一谈的几个原因：
　　1.二者都是“三层”。
　　这个原因是最容易迷惑我们初学者的，一个是UI,BLL,DAL，一个是View，Controller，Model，不都是三层吗？
　　虽然都是“三层”（不一定是真的三层，还可以是多层），但是它们的划分的不一样。大家可从上面的图中看出不同。
　　2.MVC总是伴随着三层架构。
　　这个就是我在前面一再强调的，我们一般是在考虑使用（也可以不使用）了三层架构的基础上再根据具体需求决定是否需要使用MVC，于是我们常说的MVC中总是伴随着三层架构，所以大家总是会认为MVC就是三层架构，三层架构就是MVC，殊不知，它们二者是一起出现的。
　　3.都是在分层，即都是在解耦。
　　前面说它们目的的时候也说了，虽然它们的侧重点不同，但是它们的总体目的是一样的，都是为了解耦，对于初学者而言，是不知道这两个侧重点有何不同的。