截断图

作者: 小杜的生信筆記 | 来源:发表于2022-11-04 14:51 被阅读0次

本期内容为[跟着“基迪奥生物学”作图]--截断图
--该教程是来自《基迪奥生物》，自己也做了小小的整理，受到很多同学的喜爱。也是最实用的图形之一。本息分享间其归纳到[R语言可视化-精美图形绘制系列]。

是小杜好友的可以直接和小杜索要源代码和实例数据，我希望的是：交流（Communication）！！

代码部分：

此部分可看我们的个人喜好进行设置，是可选项。

## 自定义主题
## 合并上面的参数，将其合并成mythemel
mytheme1 <- theme(panel.background = element_blank(),
                  axis.ticks.length=unit(1.6,"mm"),
                  plot.margin=unit(x=c(top.mar,right.mar,botton.mar,left.mar),
                                   units="inches"))
#自定义主题2；
#隐藏纵轴，并对字体样式、坐标轴的粗细、颜色、刻度长度进行限定；
mytheme2<-theme_classic()+
  theme(text=element_text(family = "sans",colour ="gray30",size = 12),
        axis.line = element_line(size = 0.6,colour = "gray30"),
        axis.ticks = element_line(size = 0.6,colour = "gray30"),
        axis.ticks.length = unit(1.5,units = "mm"),
        plot.margin=unit(x=c(top.mar,right.mar,botton.mar,left.mar),
                         units="inches"))

导入数据


## 导入数据
df <- read.csv("data.csv", header = T)
head(df)
##
library(ggbeeswarm)
library(ggplot2)

绘图

ggplot(df, aes(x = Gene, y = Exp, fill = factor(Time)))+
  geom_bar(position = position_dodge(0.8), ## position_dodge()增加柱子间隙
           width = 0.7,                    ## width参数可更改柱子宽度
           stat = "identity",
           color = "black")+
  ## 添加误差线
  geom_errorbar(aes(ymin=Exp-SE, ymax=Exp+SE),
                position=position_dodge(0.8) ## 与上一步的position_dodge()参数一致，误差线则居中
                ,width = 0.5,                    ## 宽度
                colour = "black", size = 0.6)+
  scale_y_continuous(limits = c(0,14),  ## 使用scale_y_continuous定义“断点”之前的标签
                     breaks = c(0,0.5,1,1.5,2),  
                     label = c("0","0.5","1","1.5","2"))+  ## 添加下面图形的y轴坐标
  scale_y_break(c(2.0,5.0),                                 ##  截断的距离
                scales = "free",                            ## scales参数“free" or "fixed"
                ticklabels = c(5.0,7.0,9.0,11,14),
                expand = expansion(add = c(0,0)),
                space = 0.25)+                                 ## 上下图的距离
  theme_classic()+
  scale_fill_brewer(palette = "Accent")+  ## 添加柱子颜色
  ### 添加标签
  labs(fill = "Time(h)",x = "", y = "Expression level")+
  theme(text = element_text(size=12))+
  ## 更改横纵坐标轴中的字体颜色、大小
  theme(axis.text.x = element_text(color = "black",size = 10),
        axis.text.y = element_text(color = "black",size = 10))

往期文章（总汇）

01-[R语言可视化-精美图形绘制系列]--精美火山图

[02-R语言可视化-精美图形绘制系列--柱状图

[03-R语言可视化-精美图形绘制系列--功能富集分析

[04-R语言可视化-精美图形绘制系列—多组GO富集可视化

05-[R语言可视化-精美图形绘制系列--堆积图]

06-[R语言可视化-精美图形绘制系列--组间相关性分析]

07-[R语言可视化-精美图形绘制系列]--Mental分析

08-[R语言可视化-精美图形绘制系列--复杂热图+两图渐变连线]-【转载】

09-[R语言可视化-精美图形绘制系列--桑基图（Sankey）]

10-[R语言可视化-精美图形绘制系列--柱状图误差线标记]

11-跟着NC学作图 | 柱状图与相关性图