这篇文章主要介绍做RNA Velocity需要怎么做，至于原理请参考原文章
在做RNA速率之前需要先准备loom文件，换句话说就是要完成RNA速率分析需要两步：（两个软件 velocyto和scVelo）
直接上代码，① 第一步执行
velocyto run10x -m repeat_msk.gtf mypath/sample01 somepath/refdata-cellranger-mm10-1.2.0/genes/genes.gtf
其中 repeat_msk.gtf 去这里下载
genes.gtf是基因组注释文件。去10X官网上下载也行。你当时跑cellRanger肯定会在官网下载一个参考基因组的文件（人类的大概是10G的一个文件，大概叫这个名字 refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0.tar.gz），这个文件就在你当时下载的文件的reference目录下的gene文件夹下
然后就会生成一个velocoty的文件夹，要用的loom文件就在这里面
②这一步就跟着这里做就好了
这篇文章主要介绍做RNA Velocity需要怎么做，至于原理请参考原文章 在做RNA速率之前需要先准备loom文...
系列回顾：1.RNA velocity分析练习（一）文件下载以及预处理2.RNA velocity分析练习（二）软...
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轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p...
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关于RNA velocity RNA velocity介绍[https://www.jianshu.com/p/7...
目前有多种方法可以进行RNA velocity的分析： scVelo（参考文章：单细胞转录组数据分析|| scVe...
本文标题：2022-06-30 RNA Velocity 分析之scVel
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/rowfbrtx.html
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