2022-06-30 RNA Velocity 分析之scVel

这篇文章主要介绍做RNA Velocity需要怎么做，至于原理请参考原文章

在做RNA速率之前需要先准备loom文件，换句话说就是要完成RNA速率分析需要两步：（两个软件 velocyto和scVelo）

• 用velocyto先得到loom文件 软件参考
• 再去跑scVelo 软件参考

直接上代码，① 第一步执行
velocyto run10x -m repeat_msk.gtf mypath/sample01 somepath/refdata-cellranger-mm10-1.2.0/genes/genes.gtf
其中 repeat_msk.gtf 去这里下载
genes.gtf是基因组注释文件。去10X官网上下载也行。你当时跑cellRanger肯定会在官网下载一个参考基因组的文件（人类的大概是10G的一个文件，大概叫这个名字 refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0.tar.gz），这个文件就在你当时下载的文件的reference目录下的gene文件夹下
然后就会生成一个velocoty的文件夹，要用的loom文件就在这里面

②这一步就跟着这里做就好了