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学习小组笔记Day6--Esther

学习小组笔记Day6--Esther

作者: estherlucky | 来源:发表于2019-04-13 22:23 被阅读0次

    1、R包的说明书(cheatsheet)
    获取方法:百度或谷歌
    https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/
    生信星球
    2、tidyr的作用
    (1)数据框变形
    (2)处理数据框中的空值
    (3)根据一个表格衍生出其他表格
    (4)实现行或列的分割和合并
      就是把数据处理成标准而统一的数据框(Tidy Data),才能进行进一步的数据处理和作图。
    3、下载和安装tidyr
    install.packages("tidry")

    第一步
    第二步 把镜像改成中国的。
    第三步
    安装成功
    加载tidyr
    4、新建数据框
    a<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))
    image.png
    image.png
    实在是没时间了,今天一天都在加班,明天一上午也要加班,只能先把主要内容写下,后面再逐一操作了。
    rep,重复
    paste,连接两个字符串,
    行 raw
    列 column,简化写法为col
    5、Reshape Data
    TidyData:提供了一种能够跨包使用的“统一”的数据格式
    gather
    spread
    6、Handle Missing Values
    三种处理方式:
    (1).删除整行
    (2).根据上下文猜一个
    (3).同一列的空值填上同一个数。

    导入:X<-read.csv('doudou.csv')
    导出:write.csv(X,'doudou.csv')
    drop_na():有空值的,整行删除掉
    fill(),根据上一行的数值填充上
    replace_na(),空值填进去特定的一个数值
    7、 Expand Tables
    complete(把空值的位置补全)
    8、split cells
    把一列拆成两列。原列要有分隔符才行。
    separate:按列分割
    separate_rows:按行分割
    unite:分割完了再合并回去

    思维导图

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