超级增强子 (Super enhancer, SE) 是一类具有超强转录激活特性的顺式调控元件，2013年由美国学者Richard A. Young首次提出。与普通增强子 (Typical enhancer, TE) 相比，超级增强子区域跨度范围通常可达8-20Kb，远高于普通增强子的200-300bp跨度范围。更重要的是，超级增强子比普通增强子具有更强的转录激活相关组蛋白修饰 (H3K27ac等)、辅因子 (Mediator等) 及转录因子富集密度。以上特点决定超级增强子具有强大的调控功能。
近些年来研究发现，超级增强子在癌症发生、细胞分化、免疫应答等重要生物学过程中发挥着重要调控功能，其所调控的基因包含原癌及抑癌基因、细胞身份决定基因、炎症通路关键基因等，具有重要研究价值，已成为生物医学领域一个新的研究热点。
图一、 超级增强子区域结合多种转录因子，调控基因转录状态.jpg
图二、超级增强子比普通增强子能富集更多转录因子.jpg
图三、超级增强子参与多种生物学过程调控.jpg
超级增强子鉴定方法
超级增强子的鉴定，依据的是增强子转录活性标记分子结合水平强度的差异，这些分子包括辅因子 (如Mediator和cohesin)、组蛋白修饰标记 (如H3K27ac和H3K4me1)、染色质修饰分子 (如p300) 等。在鉴定过程中，首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因组上的富集情况，确定活性增强子位点。之后再对所有活性增强子进行分析，鉴定得到超级增强子。通过与转录组测序数据进行关联分析，可发现超级增强子所调控的靶基因。
鉴定方法.jpg
超级增强子主要分析内容：
1、普通增强子与超级增强子鉴定分析.jpg
2、超级增强子和普通增强子ChIP-Seq峰图对比.jpg
3、普通增强子与超级增强子信号富集图绘制.jpg
4、普通增强子与超级增强子差异（长度及数目）分析.jpg
5、超级增强子调控靶基因KEGG、GO分析.jpg
6、超级增强子结合转录因子预测（motif）.jpg
7、超级增强子的注释及调控靶基因预测.jpg
The methylation of lysine 9 of histone H3 (H3K9me) characterizes heterochromatin and mediates both transcriptional repression and chromatin anchoring at the inner nuclear membrane
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