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Seurat官方教程 | pbmc3k_tutorial最新版

Seurat官方教程 | pbmc3k_tutorial最新版

作者: 生信小博士 | 来源:发表于2021-12-19 22:56 被阅读0次

    pbmc.counts <- Read10X(data.dir ="pbmc3k/filtered_gene_bc_matrices/hg19/")#.数据导入,导入示例数据

    过滤检测少于200个基因的细胞和少于3个细胞检测出的基因(min.cells = 3)#1个数据集,总共得到2700个细胞和13714个基因

    pbmc <- CreateSeuratObject(counts = pbmc.counts) #2创建Seurat对象

    pbmc <- NormalizeData(object = pbmc)
    pbmc <- FindVariableFeatures(object = pbmc)
    pbmc <- ScaleData(object = pbmc)
    pbmc <- RunPCA(object = pbmc)
    pbmc <- FindNeighbors(object = pbmc)
    pbmc <- FindClusters(object = pbmc)
    pbmc <- RunTSNE(object = pbmc)
    pbmc <- RunUMAP(object = pbmc)
    DimPlot(object = pbmc, reduction = "tsne")

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