最底层运行的是概念与关联，在其上运行的是价值观与方法论，再上面运行的是实验与践行。
价值观决定选择，选择促进行动，行动构成命运——一环扣一环。
有了清晰的价值观，就会有决断（而不是面对选择犹豫不决）。同时，当决断摆在那里的时候，我们会研究方法论，因为选择要配合行动才有意义。因此，我们要锤炼自己的方法论，以指导紧随决断的行动——实验与践行。
践行很容易理解，可为什么要有实验呢？因为我们的“操作系统”并不是一个一成不变的系统，他和人类所使用的另外一个操作系统——科学——是一样的。科学不是“永恒正确的”。科学是一套可证伪性的操作系统，因此它可以在不断否定自我的同时不断进化。而所谓“实验与践行”，几乎完整对应着科学方法论中的“实证”过程。为了进化，我们总是要用实验与践行去检验我们的价值观和方法论，把好的留下继续打磨，把不合适的去掉——这就是升级过程。
若实验与践行的结果不尽人意，我们就要重新审视自己的价值观与方法论，更进一步，为了纠正自己的价值观，改进自己的方法论，我们还要深入一步，去审视我们大脑中存在的概念与关联，甚至需要重新定义它们，让它们更清晰、更准确，或者干脆抛弃一些已然没有必要存在的概念，否则就无法从“根”上完成“升级”（即，“进化”）
【在我原先的认知基础上增加了“实验”，这是一个非常重要的概念。因为如果没有实验，就容易一条路走到黑，撞了南墙也不一定回头，自以为是坚持和执着，其实是没有掌握科学的方法论导致的悲剧。没有“实验”这一条，很容易造成半桶水的状态，自以为掌握了真理，其实自身有许多价值观和方法论已经过时了。没有实验，就容易将已有的价值观和方法论形成成见而错过许多更美妙更完善的东西。】
【科学是一套可证伪的操作系统，对应宗教是一套不可证伪的操作系统。大脑的操作系统也可以像科技一样在不断否定中得到进化。从地心说到日心说，从牛顿力学到量子力学，从dos到windows，从win95到98再到2000、me再到XP……直到现在到win10（后面肯定还会有更好地操作系统）】
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