scRNA-seq中的低质量细胞

参考文献：Classification of low quality cells from single-cell RNA-seq data

low quality

无论基于哪种测序（microfluidic systems, microwell plates, droplets），细胞都可能破碎，死亡。empty和doublet也时有发生。

low quality的细胞具有哪些features

左侧绿色标签的图显示出在broken cells中很多GO term下调；和膜相关的基因、线粒体基因、产生蛋白将位于线粒体的部分基因则会上调。线粒体基因的比对率在实际数据处理中经常被用到，是一个重要的过滤指标，从这张图可以看出broken cells的线粒体比对率中位数大约是0.16。

Empty cells很容易鉴别出来。

论文最终给出了几个通用的features：

seven features that are independent of cell type and protocol: Cytoplasm, Mitochondrially localized proteins, mtDNA encoded genes, Mapped reads, Multi-mapped reads, Non-exonic reads, and Transcriptome variance