R语言作业（初级·上）

初级作业·上

题目链接：http://www.bio-info-trainee.com/3793.html

1.软件安装以及R包安装：http://www.bio-info-trainee.com/3727.html

> library(GSEABase)
> library(GSVA)
> library(clusterProfiler)
> library(genefu)
> library(ggplot2)
> library(ggpubr)
> library(hgu133plus2.db)
> library(limma)
> library(org.Hs.eg.db)
> library(pheatmap)
> 

2.新建6个向量，基于不同的原子类型。（重点是字符串，数值，逻辑值）

a <- 'hello';a;class(a)
b <- c(1:10);b;class(b)
c <- c(T,F);c;class(c)
d <- c(1,2,3,4);d;class(d)

3.告诉我在你打开的rstudio里面 getwd() 代码运行后返回的是什么？

> getwd()
[1] "/Users/xyn"

4.新建一些数据结构，比如矩阵，数组，数据框，列表等(重点是数据框，矩阵）

#数据框创建
df <- data.frame(gene = c("gene1","gene2","gene3"),
                 sam  = c("sample1","sample2","sample3"),
                 exp  = c(12,34,56))
df

#矩阵创建
m <- matrix(1:9, nrow = 3)
m

5.在你新建的数据框进行切片操作，比如首先取第1，3行， 然后取第4，6列

m1 <- matrix(1:81, nrow = 9)
m1
m1[c(1,3), ]
m1[ , c(4,6)]

6.使用data函数来加载R内置数据集 rivers 描述它。并且可以查看更多的R语言内置的数据集：https://mp.weixin.qq.com/s/dZPbCXccTzuj0KkOL7R31g

data('rivers')

7.下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP133642 里面的 RunInfo Table 文件读入到R里面，了解这个数据框，多少列，每一列都是什么属性的元素。（参考B站生信小技巧获取runinfo table） 这是一个单细胞转录组项目的数据，共768个细胞，如果你找不到RunInfo Table 文件，可以点击下载，然后读入你的R里面也可以。

a <- read.table("http://www.bio-info-trainee.com/tmp/5years/SraRunTable.txt",fill=TRUE,header = T,sep = "\t")
a
dim(a)
str(a)
summary(a)

8.下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111229 里面的样本信息sample.csv读入到R里面，了解这个数据框，多少列，每一列都是什么属性的元素。（参考 https://mp.weixin.qq.com/s/fbHMNXOdwiQX5BAlci8brA 获取样本信息sample.csv）如果你实在是找不到样本信息文件sample.csv，也可以点击下载。

b <- read.csv("http://www.bio-info-trainee.com/tmp/5years/sample.csv",header = T)
dim(b)
str(b)
summary(b)

8.把前面两个步骤的两个表（RunInfo Table 文件，样本信息sample.csv）关联起来，使用merge函数。

a <- read.table("http://www.bio-info-trainee.com/tmp/5years/SraRunTable.txt",fill=TRUE,header = T,sep = "\t")
b <- read.csv("http://www.bio-info-trainee.com/tmp/5years/sample.csv",header = T)
m=merge(a,b,by.x = 'Sample_Name',by.y = 'Accession')
dim(m)
> dim(m)
[1] 768  42

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