STRING是一个蛋白数据库,可以直接在上面制作PPI图,和找到蛋白相互间的关系和作用。
String数据库(https://string-db.org/)
在做RNA-seq的时候,我们得到了筛选出来的DEGs,还可以通过包来做ID转换,把symbol转换成ENSEMBL的蛋白ID。但是,之前本人转换过了,发现ENSEMBL的prot ID post上去匹配不了,后来的某天早晨,由于看了cxk的篮球视频,我直接把symbol list放上了STRING,发现居然可以识别,而且自动匹配成对应的蛋白ID!
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只要把你的基因粘贴到右边的大方框,下面选好物种就OK了。当然,记得左边选择第三个,除非你是有蛋白ID或者是AA序列。
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就会导出一个PPI图。有很多圆球和连线。这些又大又圆的球代表的是基因,也可以是蛋白质。在图中,用Node表示。而且那些又细又长的是连接Node的线,叫做edge。edge不仅连接node,而且还有表示interaction的功能。
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点击Node,还有有相关的信息和域的显示。
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不仅如此,下面的Analysis,还有整个PPI基因/蛋白的GO,KEGG注释。

在它输出的文档里面,前面三个download都属于图形文件,下面的三个属于文本文件,可以用来导入cytoscape.
可以从下面的表中看到,PPI各个node的关系都已经列好,还对应出每个蛋白ID与注释信息,连它们间的score都有了。这样,就可以基本得到了PPI和比较全面的interaction信息了。
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