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2019-01-08总结

2019-01-08总结

作者: 小梦游仙境 | 来源:发表于2019-01-08 19:29 被阅读28次

    2018.1.6听小洁R语言课后总结

    小杰的ppt上的图片特别好,很直观,所以留下这几个基础概念,看了这几个图片我就分清了

    向量是一维的单一类型的元素集合,矩阵是二维的单一类型的元素集合,数组是多维的单一类型的元素集合,数据框是一个二维或多维的元素集合,相当于excel表格,列表是一个虚拟的大容器,什么都可以装。

    image-20190106102246108 image-20190106132230287

    ppt里的关于R的网址

    https://www.statmethods.net/

    https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/

    data.frame()函数用法

    https://www.jianshu.com/p/cb2c2367b388

    #data.frame()函数用法
    > L3 <- LETTERS[1:3]
    > L3
    [1] "A" "B" "C"
    > fac <- sample(L3, 10, replace = TRUE) #sample是随机取值的意思
    > fac
     [1] "C" "A" "A" "A" "C" "B" "B" "A" "A" "A"
    > (d <- data.frame(x = 1, y = 1:10, fac = fac))
       x  y fac
    1  1  1   C
    2  1  2   A
    3  1  3   A
    4  1  4   A
    5  1  5   C
    6  1  6   B
    7  1  7   B
    8  1  8   A
    9  1  9   A
    10 1 10   A
    
    
    #matrix()函数用法
    m <- matrix(1:12,nrow= 3,byrow = T)
    1  1  2  3  4
    2  5  6  7  8
    3  9  10 11 12
    n <- matrix(1:12,nrow= 3,byrow = F)
    1  1  4  7  10
    2  2  5  8  11
    3  3  6  9  12
    l <- matrix(1:12,ncol= 3,byrow = T)
    1  1  2  3
    2  4  5  6
    3  7  8  9
    4  10 11 12
    k <- matrix(1:12,ncol= 3,byrow = F)
    1  1  5  9
    2  2  6  10
    3  3  7  11
    4  4  8  12
    

    一篇参考

    https://www.cnblogs.com/holbrook/archive/2013/05/16/3081331.html

    长的对象长度不是短的对象长度的整倍数👇

    https://blog.csdn.net/hongjinlongno1/article/details/52263403

    R学习笔记

    https://www.cnblogs.com/holbrook/archive/2013/05/16/3081331.html

    设置镜像👇👇👇

    options(CRAN="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
    options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

    >  •CRAN:install.packages() #https://cran.r-project.org/web/views/
    >
    >  •Biocductor:install.packages('BiocManager')
    >
    >               BiocManager::install()  #https://bioconductor.org/
    >
    >  •Github:devools::install_github()
    >
    > 注意:包要加引号
    

    下面这两个代码一样出图一样,注意理解

    ggplot(data = test) +
      geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy))+
      geom_smooth(mapping = aes(x = displ, y = hwy))
    
    ggplot(data = test,mapping = aes(x = displ, y = hwy)) +
      geom_point()+
      geom_smooth()
    
    image-20190107184219748

    P-value(==硬币的例子==)

    https://blog.csdn.net/u011331731/article/details/72858416

    https://mp.weixin.qq.com/s/MUPmlUTxGrFGIaUxGyCEiw

    RPKM, FPKM, TPM有什么区别?

    http://www.360doc.com/content/19/0108/10/61694282_807415915.shtml

    浅谈RPKM,FPKM,RPM,TPM的区别

    https://mp.weixin.qq.com/s/Ka52fGFyfZ1ggomS66YNbQ

    StatQuest生物统计学专题 - RPKM,FPKM,TPM

    http://www.360doc.com/content/18/0324/16/19913717_739839723.shtml

    FPKM与RPKM

    其实FPKM同RPKM是一样的,只是RPKM用于单末端测序,而FPKM用于双末端测序。

    二代测序时,会将所有的DNA打成片段(fragment),然后再去测序。单末端测序时,一个片段对应一个Read,但是双末端测序时,一个片段会从两端分别测定一次,因此这两个配对Read对应的是同一片段(偶尔也会有一个片段只对应一个Read的情况,另一个Read因为某些原因被剔除或丢失了)。

    区别也就在这里,对于FPKM来说,配对到同一片段上的两个Read只会算作一个Read,也就是说FPKM是以Fragment为准,不以Read数为准,其他计算方式是完全一样的。

    image-20190108144535683

    转录本

    https://www.sohu.com/a/136389445_170798

    https://www.jianshu.com/p/e9742bbf83b9

    https://zhuanlan.zhihu.com/p/26750663

    rna-seq相关名词解释https://blog.csdn.net/qq_29300341/article/details/53159200

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