SCTransform-新的单细胞数据标准化方法

看到帖子说这个函数做标准化分群更好，今天试试。

1、这个SCTransform可以干什么

Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindVariableFeatures）的运行。 且其对测序深度的校正效果要好于log标准化。（10万以内的细胞都建议使用SCT标准化）️SCTransform对测序深度的校正效果很好，也可用于矫正线粒体等因素的影响，但不能用于批次矫正。

SCTransform：单细胞样本的标准化

2、SCTransform预处理后，如何进行差异表达分析的问题

SCTransform预处理后，直接做差异表达分析不合适。还是要进行NormalizeData和ScaleData标准化处理。不久作者又发了个帖子说，Seurat针对这个问题，更新了一个函数PrepSCTFindMarkers()解决这个。

作者是怎么发现的呢？因为作者在跑FindAllMarkers时候出现报错，提示需要在执行FindMarkers()函数前，先运行PrepSCTFindMarkers()函数。

seurat-SCTransform()解析-01
sctransform预处理后，如何进行差异表达分析
seurat-PrepSCTFindMarkers源码解析