基础科研三变量.png
分子：在什么疾病中分子能够介导某个表型
通过上调（质粒，病毒）某个基因的表达观察其表型变化
通过下调（RNAi, ）
用过一正一反来回验证
通路：一般用于解释机制，不作为主变量
一定要尽可能的了解相应的明星分子，做到心中有数。
信号通路的构成要素
-
受体（receptor）和配体（ligand）：第一信使
第二信使：是配体和受体结合之后激活的胞内的信号分 子 小分子物质，有助于信号向胞内进行传递，比如环磷腺苷 cAMP，环磷鸟苷 cGMP，以及钙离子等等，主要的作用就是活化蛋白激酶。 - 蛋白激酶（kinase）：蛋白激酶是一类磷酸[转移酶，作用是把 ATP 的磷酸基转移到它底物的 某个蛋白的特定的氨基酸残基上面去，从而就改变了这个下游蛋白的构象。酪氨酸激酶 (PTK) 和丝氨酸 / 苏氨酸激酶 (STK)
- 转录因子：对基因转录有调节作用的蛋白，那么细胞对信号转导有诸多 反应，最终都是涉及到蛋白和 DNA 相互识别和相互作用，引起一些基因表达 的改变
常见的8大信号通路https://www.biomart.cn/experiment/793/2714745.htm
信号通路及其作用http://jushengwu.com/jbk-111/
药物：见表格
通过药物，分子，通路三者之间排列组合
一. 药物与分子之间的组合
先锁定药物，再找药物靶点解释机制（注意尽量找分子和表型关系确定者）
1.药物不新 选择较新的靶点解释
2.药物新则用蛋白或者已知激酶一类的来解释机制
二. 药物与通路之间的组合
由于现在对于通路的研究机制较为成熟
新药找靶点，老药找耐药
一般来说疾病和表型一旦确定就不要再去改变，课题如何实现创新，只能从变量下手，在一个研究课题里有且只有一个主变量
思路：!!!!!!!!!很多分子都可能与疾病相关，那么选哪个分子来进行研究呢。由于人类基因组已经测序完成，这个时候只要测量疾病基因序列进行对比，就可以知道是哪些分子出了问题，对他们进行研究即可。
若为RNA 可以用RNA-Seq.
如何选择变量？（主要讲如何选择分子）
1.筛：预算充足，首选非编码RNA；预算紧凑，选择mRNA表达谱
2.预算匮乏：猜！
一. 分子筛选
关键是组学：DNA 和RNA{基因芯片，测序（一般是二代）}，蛋白和代谢用质谱（外包）。
1.基因芯片
测序原理： 杂交测序方法，即将许多特定的DNA片段 (称为探针)固定在芯片的每个预先设置的区域内，将待测样本标记后同芯片进行杂交，利用碱基互补配对原理进行杂交，通过检测杂交信号并进行计算机分析，从而检测对应片段是否存在、存在量的多少，以用于基因的功能研究和基因组研究、疾病的临床诊断和检测等众多方面。
由于人类基因组计划之后人类的基因序列基本都是已知的，所以探针是非常好设计的。
（一般都是包给公司）
2.测序：具体见前
具体解读：https://www.bilibili.com/video/BV1Cx411p7dm?from=search&seid=6688328556232185318
由于2003 起人类基因组计划的测序工作已经全部完成，所以我们直接可以在相应的文库里检索我们所需要的基因 的序列。《生物信息学》和B站视频里面有讲解具体如何检索。
二. 猜
（1）一. 生物信息学分析
1.下载差异基因已经分析好的数据（分子差了多少倍，表达量怎么样）
2.整合分析：交互作用网络分析，功能据类分析，相关通路分析
Ⅰ.这么多差异分子，哪些比较重要？（位于调控网络的节点）
Ⅱ.变化的分子群已知跟哪些表型关系最高？（提示需要做哪些表型验证）
Ⅲ跟哪些已知的通路调控关系比较密切
二. 数据挖掘
现在多为数据共享，可以找方向相似的研究室的数据
NCBI的GU数据库（在线分析工具：GU tool）
数据库索引网站 omictools
（2）选择10-20个分子(经验，多看文献)
1.新
2.分子特征（Geencards）
3.数据库或者预实验
（3）最后确定2-3个分子靶标
（4）进一步深入分析差异性表达的分子交互网络信息
KAGG高通量数据库
QBCR
Western blot
三. 怎么直接从文献中入手筛选分子？
1.选定本领域中5-6本权威期刊
2.找这些杂志上最近3个月新分子文章（文章标题中的分子在PubMed上面检索）
3.直接对候选分子进行表型上的验证（与原文章疾病和表型都要不同，因为表型是具有相关性的）
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