处理了一批ATAC数据,用bowtie比对后发现比对率只有10-20%,打开原始测序fq文件,截取整条测序reads(大概150bp),去NCBI做blast比对,发现很多reads都比对到了支原体上,可能是细胞支原体污染,导致整个文库被污染了
处理了一批ATAC数据,用bowtie比对后发现比对率只有10-20%,打开原始测序fq文件,截取整条测序read...
转录组测序发现唯一比对率特别低,进一步将未比对到参考基因组的序列提出来比对到NCBI NT库。发现多数序列比对到了...
bowtie2 比对 其中bowtie2比对加入了-X 2000 参数,是最大插入片段,宽泛的插入片段范围(10-...
ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分:数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析,下...
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1. 质控 在比对之前,我们建议花一些时间查看 FASTQ 文件。一些基本的 QC 检查可以帮助我们了解您的测序是...
统计比对率 新建文件夹 构建脚本前文件 构建脚本 激活并运行脚本 进入结果文件夹提取所需内容
RNAseq的第二步就是Aligment, 一般都是有参考基因组的比对,据同事介绍,比对这一步,比对率再80%以上...
这里是佳奥!我们继续clean数据的比对。 1 使用bowtie2进行比对 用bowtie2进行比对和统计比对率,...
处理原始数据文件 rawdata质控 统计cleandatabase 建立索引 hisat2比对 排序 统计比对率...
本文标题:ATAC比对率低
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