首先简单介绍一下NiftyNet吧。NiftyNet是由伦敦国王学院及伦敦大学学院共同开发的基于TensorFlow的开源卷积神经网络平台,该平台主要用于医学影像分析及图像引导治疗。
官网网址:https://niftynet.readthedocs.io/en/dev/index.html
下面主要说一下安装过程及遇到的问题,后面可能会更新离线安装方法。
NiftyNet目前的版本为0.5.0,其基于的TensorFlow版本为1.12,之前安装了1.13,直接用cmd运行没有问题,但是如果在spyder内运行则会报错。
而TensorFlow1.12目前并不支持python3.7,因此如果没有特别的要求,可以直接安装python3.6(也可以安装anaconda后建立python3.6的虚拟环境)。
安装Anaconda
首先,下载Anaconda3-5.2.0,可以在清华的镜像网站下载,也可以在官方网站下载,网址如下:
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/
https://repo.anaconda.com/archive/
大概600M左右的exe文件,下载后直接安装即可
如图,这步两项都勾选上。
建立tensorflow虚拟环境
安装结束后,打开Anaconda Prompt(相当于命令行),建立tensorflow虚拟环境。
prompt
在prompt输入
conda create -n tensorflow python=3.6
完成后,输入
activate tensorflow
prompt
会发现路径前的括号内变成了(tensorflow),这说明我们的虚拟环境已经建立完毕。
安装TensorFlow
在tensorflow虚拟环境内安装tensorflow。直接
pip install tensorflow==1.12
即可。
安装NiftyNet
pip install NiftyNet
需要注意的一点是:NiftyNet中依赖的numpy包版本必须低于1.14.5,若之前安装了numpy,请降级到1.14.5或以下版本。
安装spyder
在我们安装完Anaconda之后,已经自带了一个spyder,但是这个spyder并不是tensorflow环境下的,因此我们需要在tensorflow环境下再安装一个spyder。
方法一:直接通过Anaconda Navigator安装
Anaconda Navigator打开Anaconda Navigator,切换到tensorflow环境,我们能够看到下面有许多软件都没有安装,我们直接点击spyder下的install即可。
但是这种方法速度较慢,容易失败。
方法二:通过prompt安装
conda install spyder
即可
安装结束后,会出现spyder(tensorflow),即tensorflow环境下的spyder。
spyder(tensorflow)
后面可能会在没有网络连接的电脑上配置上述环境,如果成功会继续更新。
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