在Linux系统安装软件
- 在这个没有浏览器的系统内安装软件，需要通过“中介”，今天学习的就是最常用的conda和miniconda的安装以及通过它来安装需要的软件
Bioconda商店的介绍
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类似于应用商店，是Linux系统中最好用的下载器。日常生信的软件通过miniconda就可以搞定了，它是专门负责生信领域软件安装的
conda系列软件的关系.png
在自己的Linux安装miniconda
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先在conda官网找到下载链接，右键复制
正在安装miniconda.png
这里贴一下官网链接防止以后找不见
https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 正常登陆远程服务器的Linux
- 打开之前建好的biosoft文件夹
- 在这个文件夹内使用
wget命令，然后空格再右键就把链接复制到Linux系统中了，点击回车即可（底板教材出自“生信星球”哦）
安装过程.png
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但是我的网速莫名的特别慢特别特别慢，后来甚至下降到1.24kb/s。。。
网速太慢啦 妈个鸡.png
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找了个清华的镜像，但是是anaconda的，试了下网速确实快，但是安装过程疯狂弹“y”，弹了20分钟也无果。。。只能求救大佬了
换了镜像速度贼快啊.png
莫名其妙的疯狂yyyy.png
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妈个鸡，我安装的是archive，根本就不是anaconda本身，而且就在这个网站就有mini的镜像链接，自己眼瞎看不见。。。经大佬指点（就是伸手白给了），用清华镜像嗖嗖的下了下来
明明在这里啊灯下黑.png
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千万记得激活，用这个命令
source ~/.bashrc -
现在可以通过conda命令添加镜像链接了，代码复制如下(来自于生信星球)：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
- 清华的镜像网址贴在这，以防万一找不见了，那上面有好多好东西，以后慢慢发掘。
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之后就愉快的下软件吧 conda是软件也是命令，所以所有通过它执行的命令都要在前面输入conda
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查看当前conda安装了哪些软件用
conda list代码
使用conda命令list.png
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在商店里查找软件用
conda search fastqc代码
正在查找fastqc.png
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通过conda安装用
conda install fastqc=0.11.7 -y代码，其中0.11.7是版本号，-y是自动安装，注意“-y”前面一定要有空格
正在安装fastqc成功版.png
安装ing.png
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卸载用
conda remove fastqc -y代码
卸载.png
今天的学习内容大致就结束了
明天还是要抽时间看看环境那些的，今天下载耽误太长时间了😂
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