美文网首页
MRD-降低错误率

MRD-降低错误率

作者: 蚂蚁爱吃饭 | 来源:发表于2021-10-25 11:04 被阅读0次

采用扩增子形式检测MRD,单端特异性引物,另一端随机且加上随机base作为分子标签。

首先把数据拆分出来,按照扩增子和分子标签,可以拆分为一个个原始分子起源的read。分子标签是否允错1base自己定夺。

我们通过不同程度的矫正,把错误率降低到0.06%水平,MRD至少要求0.2%。


错误率

随着我们矫正程度的提高(F2->F4->F10),错误率降低,但并不显著,丢失的reads也随着增加,如何把握这个平衡?我们构造一个Qvalue(具体算法保密)用于评价位点的质量,当然更狠地矫正带来更高的Qvalue值,废话,但会引入更多的数据丢失。


Qvalue分布

我们测试了5个点,采用Qvalue对不同分组进行阴阳性判定,在0.3%的频率检出率达80%(4/5)。采用Qvalue对阴阳性的自动化判断还是要好很多滴。


Qvalue与检出率

接着,我们对所有未知的点,计算Qvalue,未完待续。。。。嘻嘻嘻。。。(其实没必要做,毕竟MRD是针对已知的点,我只要判断出这个目标点是真是假。。。)

相关文章

  • MRD-降低错误率

    采用扩增子形式检测MRD,单端特异性引物,另一端随机且加上随机base作为分子标签。 首先把数据拆分出来,按照扩增...

  • 06 降低错误率

    记得《摔跤吧爸爸》中父亲跟女儿说的一段话:当你的对手不如你时,发挥你的优势去打败他;当你的对手与你实力相当时,保持...

  • DialogFragment 报错汇总

    最近在降低项目总体错误率,发现有一些dialogFragment报了几个active、already added的...

  • 集成学习的两个基本问题

    第一个问题:如何产生好而不同的基学习器? 在2-1中证明集成后错误率降低的一个前提是,基学习器的错误率相互独立。假...

  • 听课|降低错误率领先你的人生

    1.零错误率带来的巨大优势 如果你可以实现零错误率的话,就可以实现“同样的时间,更快速的进步”。 2.本节课主要解...

  • 读《清单革命》

    用清单的好处 降低错误率,提升效率,管理团队 把控项目全局,跟踪进度,完善流程 写清单的原则(偏向管理) 1. 权...

  • 公考一周前准备(x乎live分享记录侵删)

    心态问题 言语逻辑填空 错误率超过一半 心态不稳自暴自弃 调整心态方式: 反式呼吸 将注意力集中在呼吸上,降低焦...

  • 做到三点降低人生错误率

    大家好,今天给大家介绍的书是《清醒思考的艺术》 这本书是德国作家多贝里所写,这就是德国率先超越《乔布斯传》登上畅销...

  • 对于svm的一些理解

    1.为什么要最大间隙 答:这样可以使在后续的分类中,降低分类的错误率 2.感知机(perceptron)和支持向量...

  • 【学习笔记】工程师必备代码规范

    美观的代码在面试、团队协同工作、体现个人专业程度、降低错误率等方面都有重要意义。 一、有哪些代码规范指南? 一些大...

网友评论

      本文标题:MRD-降低错误率

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/sbbealtx.html