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用python进行ID转换(第八题)

用python进行ID转换(第八题)

作者: 多啦A梦詹 | 来源:发表于2020-03-03 16:02 被阅读0次

    准备一个注释文件,格式如下:

    Gene ID Associated Gene Name    EntrezGene ID
    ENSG00000252303 RNU6-280P   
    ENSG00000281771 Y_RNA   
    ENSG00000281256 RP11-222G7.2    
    ENSG00000283272 Clostridiales-1 
    ENSG00000280864 RP11-654C22.2   
    ENSG00000280792 RP11-315F22.1   
    ENSG00000282878 RP11-399E6.1    
    ENSG00000283276 ABBA01000934.1  
    ENSG00000281822 RNU1-62P    
    ENSG00000281384 AC093802.1  
    ENSG00000280505 RP11-654C22.1   
    ENSG00000281764 RP11-399E6.2    
    
    idD = {}
    for line in open("data/GRCh38.idmap"):
        lineL = line.strip().split("\t")
        ensm_id = lineL[0]
        symbol  = lineL[1]
        idD[ensm_id] = symbol
    #--------------------------------
    for line in open("data/ensm.id"):
        ensm = line.strip()
        print(ensm,idD[ensm],sep=": ")
    

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