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利用Pypubmed抓取文献

利用Pypubmed抓取文献

作者: 生信厨师 | 来源:发表于2021-03-04 09:41 被阅读0次

    推荐一款批量抓取文献的神器,Pypubmed
    简单安装及使用方法如下

    #安装模块
     pip  install pypubmed -i [https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple](https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple)
    #NCBI账号申请API key后初始化模块
    pypubmed -k  bb5277836f9883xxxx  search -h
    #示例,检索新冠病毒SNP相关研究文献,-l为结果文献数目上限,输出为Excel文件列表,厉害了
    pypubmed  search SARS-CoV-2,SNP -l 50 -o SARS-CoV-2.snp.xlsx 
    

    参考链接:https://mp.weixin.qq.com/s/f8h8DOpCAuzye-lnDc0_6Q

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