Rstudio使用基础设置

设置默认启动项

file.edit('~/.Rprofile')
可跳过，一般不用

使用Rstudio安装Packages的常规操作：

step0: 双击.Rproj文件进入（管理单个项目用.Rproj）
step1: 设置镜像，R包安装，从国内镜像下载速度快
step2: 通过if判断来装包
step3: 通过library()加载包，确定安装成功

## 查看R包安装的位置
.libPaths()
# 出现是真实的路径
# 如果只出现一个路径，也是正常的。
# Rstudio中的默认安装路径为.libPaths中的第一项，所以请做好设置。

# Rstudio更变Package默认安装路径
# Rprofile.site
.libPaths()
myPaths <- c("C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/common")
.libPaths(myPaths)
#更变完毕后，重新打开Rstudio，就能看见Default目录为我们指定的目录了

 ## 魔幻操作，一键清空~
rm(list = ls()) 
options(stringsAsFactors = F)

step1:设置镜像

#查看当前镜像
options()$repos 
options()$BioC_mirror
# 设置bioconductor
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
# 设置CRAN
options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
# 检查是否设定完毕
getOption("BioC_mirror")
getOption("CRAN")

## 查看R包安装的位置
.libPaths()

# 安装R包，注意函数括号里面的引号（''）
# 安装CRAN镜像上的包，通过install.packages()
# 安装bioconductor镜像上的包，通过BiocManager::install()
# 安装github镜像上的包，通过devtools::install_github()
##出现warning和各种红色提示，不用管，能加载成功就好！
# 确定'待搜索安装的'包在什么镜像上，然后决定用什么函数安装

step2:通过if判断来装包

# if语句来判断你是否装过某包
# 如果require("tidyverse")为假，代表你没装过这个包。
  ## 那么! require("tidyverse")为真，则执行后面语句，即安装该包
# 如果require("tidyverse")为真，代表你装过这个包。
  ## 那么! require("tidyverse")为假，则不执行后面语句，即不安装
# 如果已经安装，if自然会决定不需重装

###必须运行装包命令###
if(! require("devtools")) install.packages("devtools")
if(! require("corrplot")) install.packages("corrplot")

if(! require("BiocManager")) install.packages("BiocManager")
if(! require("limma")) BiocManager::install("limma")
if(! require("edgeR")) BiocManager::install("edgeR")
if(! require("corrplot")) BiocManager::install("corrplot")
if(! require("CLL"))  BiocManager::install("CLL")

###Bioconductor安装的教程命令###
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(“包名称”)
BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

#升级Bioconductor
BiocManager::install(version = "3.9") #括号内指定版本
#查看Bioconductor版本命令：
BiocManager::version()
#升级已安装的Bioconductor软件包
BiocManager::install()

step3:通过library()加载包，确定安装成功

要点：切记R包一次安装，用时次次加载

library(limma)
suppressMessages(library(limma))  #使用suppressMessages运行的时候不显示提示信息

R软件更新

version     
#查看现有R版本
install.packages("installr")
library("installr")
updateR()   
#安装并加载installr包，并调用里面的函数updateR()

R包更新

#可以使用Y叔写的 rvcheck 包。使用rvcheck::update_all()
if(! require("rvcheck")) install.packages("rvcheck")
library("rvcheck")
update_all()  
#更新CRAN, Bioconductor和Github上的R包，可以放到系统任务里，每月自动更新一次。