允许mismatch的grep脚本

作者: 苏牧传媒 | 来源:发表于2018-10-29 17:18 被阅读4次

skr.sh

github：https://github.com/sunhaifeng123/skr.sh

# 用法：

usage:

bash skr.sh [your sequence] [ATCG.txt] [mismatch] [result_name]

example：

bash skr.sh CCCCA chr.fa 1 result.txt

# 目标文件格式：

chr.fa

# 不允许mismatch，即完全匹配的命令：

mismatch=0

# 允许一个mismatch

mismatch=1

# 允许两个及以上的错配比较复杂，待更新

# 用于fasta格式和fastq格式的待更新

允许mismatch的grep脚本
skr.sh github：https://github.com/sunhaifeng123/skr.sh # 用...
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