起因：
家养精灵多比警告哈利别去霍格沃兹，因为会有生命危险，哈利不答应。
多比故意破坏了弗农姨夫的家宴，吓跑了贵客，害哈利关禁闭。
罗恩和他的两个双胞胎哥哥，开着魔法汽车接走了哈利。
韦斯莱夫人带着孩子们去书店购买教材，遇见了当红英俊巫师洛哈特，还碰到了讨厌的同学马尔福及其父亲卢修。
承：
罗恩一家送孩子们去国王火车站，所有人都顺利通过，唯有哈利和罗恩被挡在9又3/4的月台上。
罗恩冒险驾驶魔法汽车，带着哈利去霍格沃兹，因为技术不好，一头撞在打人柳上，魔法汽车遭到暴打，把罗恩和哈利抛出来后，就生气跑了。
魔法汽车被麻瓜发现，造成了极坏的影响，罗恩和哈利收到关禁闭的惩罚，而罗恩的父亲受到魔法部的批评，并被罚款。
没想到洛哈特成为黑魔法防御课老师，而哈利的禁闭惩罚变成了帮洛哈特写签名照片，他的自恋令哈利很不舒服。
在办公室，哈利听到一个细细的低语，说要杀人，奇怪的是洛哈特却没有听到。
哈利带朋友们参加完尼克的忌日宴会，回来的路上再一次听到那个鬼祟的细语，说要杀死泥巴种。
然而，罗恩和赫敏也照样听不到这个细语。
哈利紧跟着这个细语声，发现了费尔奇的猫洛丽丝夫人被害，墙上还留有密室被打开的血字。
魁地奇比赛中，哈利被一只游走球追杀，哈利受重伤骨折，洛哈特学艺不精，用魔法为他治疗反而把他的骨头给变没了。
在学校的医务室，多比又出现，哈利发现他这段时间的倒霉经历，都是多比害的。
多比再次要求哈利离开霍格沃兹，有人要取他性命。
紧接着一个学生科林也遇害被石化，校长邓布利多认为密室被打开了。
哈利几人决定自己偷偷调查，赫敏认为想杀泥巴种的人应该跟马尔福有关。
她调制了一种魔法药剂，打算变成马尔夫周边的人，去找他套消息。
哈利和罗恩变成了马尔福的小伙伴，但是马尔福也不知道是谁想要杀泥巴种，只知道他是斯莱特林的继承人。
哈利捡到一个日记本，他无意中发现可以跟日记本对话。他问日记本当年是谁曾经打开过密室。
日记本说他是里德尔的日记，并展示了一段过去，哈利看到是朋友海格打开了密室，放出妖兽。
赫敏和另一个女生也遭遇了妖兽被石化。
哈利和罗恩非常担忧，想去询问海格当年真相。
海格却被魔法部的人抓走了，关进阿兹卡班监狱。
他留下暗示，让哈利他们跟着蜘蛛走。
哈利询问蜘蛛，当年密室被打开的真相，蜘蛛的回答模棱两可。
哈利和罗恩去看望依然昏迷不醒的赫敏，在她手上发现一张纸条，揭示了那个妖兽是蛇怪。
学校派洛哈特教授去杀妖兽，他却伺机逃跑。
哈利和罗恩阻止他逃跑，带他一起找到通往密室的隧道。
洛哈特看到蛇皮又想逃走，挥动魔杖却弄垮了隧道。
洛哈特和罗恩都被阻拦在碎石墙后，只有哈利一人前往密室。
转：
在密室里哈利见到生命垂危的金妮。
日记里的里德尔却逐渐显形，他拿走了哈利的魔杖。
里德尔召唤出蛇怪，取哈利的性命。
合：
关键时刻，凤凰福克斯飞来，带来分院帽帮助哈利，最终战胜了里德尔，毁掉了日记本，救醒了金妮。
里德尔就是伏地魔学生时期的名字。
日记本是卢修马尔福偷偷放在金妮的坩埚里，为了害她的爸爸韦斯莱先生能被魔法部开除，并能废除保护麻瓜的法律条例。
卢修马尔福被学校踢出董事会。
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