人类基因组的下载

参考地址1
参考地址2

人类基因组和GTF文件

• NCBI：

gff3

hg38
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/GFF/ref_GRCh38.p7_top_level.gff3.gz
hg19
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/BUILD.37.3/GFF/ref_GRCh37.p5_top_level.gff3.gz

• ensembl：

gtf

wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.90.gtf.gz ## hg38
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz ## hg19

变换中间的release就可以拿到所有版本信息：ftp://ftp.ensembl.org/pub/

UCSC下载GTF文件

下载地址
从中选择需要的下载。

不要再从http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables页面手动选了，现在已经整合到https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/genes/这个地址下面了

基因组下载

UCSC里面下载：

wegt http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz ##hg19
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/chromFa.tar.gz ##hg38

tar -zxvf chromFa.tar.gz
cd chroms
cat *.fa >hg19.fa

NCBI下载

##hg19：
for i in $(seq 1 22) X Y M;
do wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/BUILD.37.3/Assembled_chromosomes/seq/hs_ref_GRCh37.p5_chr${i}.fa.gz; 
gzip -d hs_ref_GRCh37.p5_chr${i}.fa.gz;
cat hs_ref_GRCh37.p5_chr${i}.fa.gz >>hg19.fa;
done;
##hg38：
同理，只要找到下载地址，改动一下即可。
### ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/Assembled_chromosomes/seq/hs_ref_GRCh38.p7_chr${i}.fa.gz

ensembl中选择基因组一般选择toplevel-sm版本的。
修改其中的release 号，就能获得对应的版本
ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-100/fasta/homo_sapiens/dna/

各种基因组版本的差异