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学习小组Day6笔记-王小豆

学习小组Day6笔记-王小豆

作者: 王小豆 | 来源:发表于2021-05-19 20:28 被阅读0次

    Miniconda的安装

    网页:https://repo.anaconda.com/miniconda/
    下载miniconda:
    wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    安装miniconda:
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    激活conda:
    source ~/.bashrc(一定要在ubuntu下有这一步,不然提示conda找不到)
    设置镜像:

    镜像.png

    miniconda安装fastqc示例

    安装fastqc:
    conda install fastqc -y(-y:自动安装)
    (若指定安装版本:conda install 软件名=版本号,-y/不加)
    卸载fastqc:
    conda remove fastqc -y

    conda补充知识

    conda info --envs(查看conda环境)
    conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y(建立新环境rna-seq,指定Python版本为Python3,自动下载两个软件)
    conda info --envs(此时会比默认环境多出一个rna-seq环境)
    conda activate rna-seq(激活这个环境,把它当成默认环境,此时用conda info --envs查看,*在这个环境前)
    输入fastqc,出现下图,成功。


    fastqc.png

    conda deactivate(退出conda)

    心得

    • 要运行一个程序,需要知道它所在的目录,在对的目录下才能运行;
    • conda需要激活后才能使用,用它安装卸载软件,一定要不要忘记加conda;
    • 下载不了,可以多试几个镜像,miniconda下载很慢,多试几次。

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