Miniconda的安装
网页:https://repo.anaconda.com/miniconda/
下载miniconda:
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装miniconda:
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活conda:
source ~/.bashrc(一定要在ubuntu下有这一步,不然提示conda找不到)
设置镜像:
miniconda安装fastqc示例
安装fastqc:
conda install fastqc -y(-y:自动安装)
(若指定安装版本:conda install 软件名=版本号,-y/不加)
卸载fastqc:
conda remove fastqc -y
conda补充知识
conda info --envs(查看conda环境)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y(建立新环境rna-seq,指定Python版本为Python3,自动下载两个软件)
conda info --envs(此时会比默认环境多出一个rna-seq环境)
conda activate rna-seq(激活这个环境,把它当成默认环境,此时用conda info --envs查看,*在这个环境前)
输入fastqc,出现下图,成功。
fastqc.png
conda deactivate(退出conda)
心得
- 要运行一个程序,需要知道它所在的目录,在对的目录下才能运行;
- conda需要激活后才能使用,用它安装卸载软件,一定要不要忘记加conda;
- 下载不了,可以多试几个镜像,miniconda下载很慢,多试几次。
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