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热图参数

热图参数

作者: 赵会成 | 来源:发表于2019-03-19 22:10 被阅读0次

scale,是指对数值进行均一化处理,在基因表达量的数据中,有些基因表达量极低,有些基因表达量极高,因此把每个基因在不同处理和重复中的数据转换为平均值为0,方差为1的数据,可以看出每个基因在某个处理和重复中表达量是高还是低,一般选择做row均一化。scale="row"

clustering_method,表示聚类方法,值可以是hclust的任何一种,如"ward.D","single", "complete", "average", "mcquitty", "median", "centroid", "ward.D2"。

cluster_rows,表示行是否聚类,值可以是FALSE或TRUE

clustering_distance_rows,行距离度量的方法,如欧氏距离

cutree_rows,行聚类数

treeheight_row,行聚类树的高度,默认为50

gaps_row,对行进行分割,就不应对相应的行进行聚类

cluster_cols,表示列是否聚类,值可以是FALSE或TRUE

clustering_distance_cols,列距离度量的方法

cutree_cols,列聚类数

treeheight_col,列聚类树的高度,默认为50

gaps_col,对列进行分割,就不应对相应的列进行聚类

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