下载R SDK

访问链接下载R语言安装包 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/base/R-3.5.2-win.exe
下载后双击安装包进行安装，安装时如果不想使用默认的安装路径，则要自定义安装目录。

下载 R Studio

访问链接下载R Studio的R语言编辑器 https://download1.rstudio.org/RStudio-1.1.463.exe 下载后同样双击安装包进行安装，安装路径同样自选。

下载 ggplot2、Cairo

打开R SDK的安装路径，默认是C:\Program Files\R\R-3.5.2\bin，双击打开R.exe可执行文件，在弹出的Shell框中依次输入命令
install.packages("ggplot2", repos = "http://cran.r-project.org")

打开R Studio软件，在软件的左下方命令行中，输入命令
install.packages("Cairo")

画柱形图

打开R Studio软件，在左上角选择新建文件，然后把下面的代码复制到代码框中，多出来的文字删除即可。
其中，要修改几个地方，一个是setwd里面的东西，这个函数指的是要打开哪个文件加，所以需要把里面的home改成你的数据文件存放的地方。注意要把""符号替换成"/"符号，如 setwd("C:/opt")。
下面的read.table里面的也需要改，改成你的数据文件就好，注意"./"不要去掉，后面直接加上你的文件名就行，如 read.table("./KEGG-KOBAS.CSV")。
png_path指的是要输出的图片路径，同样改个名字就行，如png_path="./KEGG-KOBAS.png"

rm(list=ls())
library(ggplot2)
library(Cairo)

setwd("/home/ ")
GO_BP <- read.table("./enh_statistics/A549_GO_BP_spe.tsv",header = T,sep=",")

png_path=".GO_BP.png"
CairoPNG(png_path, width = 12, height = 7, units='in', dpi=600)

ggplot(data=GO_BP)+
  geom_bar(aes(x=reorder(Term,Count),y=Count, fill=-log10(PValue)), stat='identity') + 
  coord_flip() +
  scale_fill_gradient(expression(-log["10"](P.value)),low="red", high = "blue") +
  xlab("") +
  ylab("Gene count") +
  scale_y_continuous(expand=c(0, 0))+
  theme(
    axis.text.x=element_text(color="black",size=rel(1.5)),
    axis.text.y=element_text(color="black", size=rel(1.6)),
    axis.title.x = element_text(color="black", size=rel(1.6)),
    legend.text=element_text(color="black",size=rel(1.0)),
    legend.title = element_text(color="black",size=rel(1.1))
    # legend.position=c(0,1),legend.justification=c(-1,0)
    # legend.position="top",
    )
dev.off()

画气泡图

气泡图代码如下，改动点和画柱形图一致。另外说下read.table中seq的含义，常见的表格格式有csv和tsv，csv是用逗号分隔，tsv是用制表符号分割也就是tab键，基因数据库上的通常就是tsv格式用制表符分隔的，但是execel识别不出来，但是代码中如果把sep改成'\t'的话就可以直接识别出来了。

rm(list=ls())
library(Cairo)
library(stringr)
setwd("/home/")

pathway = read.table("./enh_statistics/A549_KEGG.tsv",header=T,sep=",")

png_path="./figure/KEGG.png"
CairoPNG(png_path, width = 5.9, height = 3, units='in', dpi=600)

ggplot(pathway,aes(x=Fold.Enrichment,y=Term)) + 
  geom_point(aes(size=Count,color=-1*log10(PValue)))+
  scale_colour_gradient(low="green",high="red")+
  labs(
       color=expression(-log[10](P.value)),
       size="Gene number",
       x="Fold enrichment"
       # y="Pathway name",
       # title="Pathway enrichment")
      )+
  theme_bw()+
  theme(
    axis.text.y = element_text(size = rel(1.3)),
    axis.title.x = element_text(size=rel(1.3)),
    axis.title.y = element_blank()
  )
dev.off()

程序运行

把鼠标指到第一行，然后点击上方的run按钮，然后光标会往下移动一行，一直点到光标移动到最后一行结束，这样图片就出来了，如下图：

1547441896(1).jpg

参考链接

http://www.cnblogs.com/yumtaoist/p/4576874.html
https://www.jianshu.com/p/462423702851