【泛癌>>单基因】01.YTHDF1+泛癌(4+分)

分享一篇泛癌的文章，发表在神刊Frontiers in Oncology上。

DOI：10.3389/fonc.2021.607224

知识点

本文共用到十几个数据库：

• Oncomine: https://www.oncomine.org/resource/login.html
• TIMER: https://cistrome.shinyapps.io/timer/
• GEPIA: http://gepia2.cancer-pku.cn/#analysis
• BioGPS: http://biogps.org
• Kaplan-Meier Plotter: http://kmplot.com/analysis/
• PrognoScan: http://dna00.bio.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html
• TISIDB: http://cis.hku.hk/TISIDB/index.php；免疫(C1-C6)和分子亚型与基因表达的关系
• SangerBox: http://sangerbox.com/Tool; 分析基因与免疫检查点(ICP)基因，TMB，MSI, Neoantigen, ESTIMATE of the TME和免疫细胞浸润的相关性。
• cBioPortal：http://cbioportal.org
• UALCAN: http://ualcan.path.uab.edu
• LinkedOmics: http://www.linkedomics.org/login.php

整体思路

结果

1.YTHDF1的表达情况

Fig.1

2.YTHDF1的预后及与分型的相关性

Fig.2
Fig.3

3.免疫检查点，TMB，MSI, Neoantigen, ESTIMATE和免疫细胞浸润

Fig.5
Fig.6
Fig.7

4.泌尿系统肿瘤

4.1 与免疫细胞标志物相关性

Table1

4.2 与临床特征之间的相关性

Fig.8

4.3 共表达基因分析

Fig.9

总结

本文从YTHDF1基因出发，表达→预后→临床特征→表达遗传相关→免疫→共表达分析，思路比较清晰，各种热点来一套，重点是几乎全是用在线工具做的，科研经费不充足的小伙伴可以来这么一波操作。
参考文献：
YTHDF1 Is a Potential Pan-Cancer Biomarker for Prognosis and Immunotherapy