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生信星球学习小组第29期 Day5

生信星球学习小组第29期 Day5

作者: Hannahhao | 来源:发表于2019-11-29 18:46 被阅读0次

    数据结构的学习

    基础知识

    • R的赋值符号不是=,而是<-
    • Console控制台=Linux命令行
    • R的代码都是带括号,英文格式
    • 显示工作路径 getwd();设置工作路径 setwd(dir="C:/Users/xxx/xxxx/xxx")
    • 向量是元素组成,元素可以是数字或字符串
    • 表格在R语言中叫"数据框“
    • 理解命令和函数的意义,不会用可以百度/谷歌或?read.table 看看example
    • 数据类型:向量(vector);矩阵(matrix);数组(array);数据框(data frame);List

    一、向量

    1. 标量和向量的区分

    元素:数字/字符串
    标量:一个元素组成的变量, 例:1/huahua
    向量:多个元素组成的变量(一排有序排列的元素),例:c(1,2,3)/c("doudou","huahua","yu")

    给变量赋值
    x<- c(1,2,3) 将x定义为由元素1,2,3,组成的向量
    x<- 1:10 从1-10之间所有的整数
    x<- seq(1,10,by = 0.5) 1-10之间每隔0.5取一个数
    x<- rep(1:3,times=2) 1-3 重复2次

    2. 从向量中提取元素

    (1)根据元素位置

    x[4] x第4个元素
    x[-4] 除了第4个元素之外剩余的元素
    x[2:4] 第2到4个元素
    x[-(2:4)] 除了第2-4个元素
    x[c(1,5)] 第1个和第5个元素

    (2)根据值

    x[x==10] 等于10的元素
    x[x<0] 小于0的元素?
    x[x %in% c(1,2,5)] 存在于向量c(1,2,5)中的元素

    二、数据框

    Tips:将示例数据放在工作目录下

    (1)读取本地数据

    read.table(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T) 读取文件,分隔符为Tab, 有表头
    a<-read.table(file = "huahua.txt",sep =" ",header =T) 把这个数据框赋给一个变量a
    或者
    X<-read.csv('doudou.txt') 获得示例数据框 (我也觉得read.csv好用些)

    (2)设置行名和列名

    colnames(X) 查看列名
    rownames(X) 查看行名
    colnames(X)[1]<-"bioplante" 不太懂这个?
    X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1) row.names 修改第一列为行名

    (3)数据框的导出

    write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)

    (4)变量的保存与重新加载

    save.image(file="bioinfoplanet.RData") 保存当前变量
    save(frame1,file="frame1.RData") 保存其中一个变量
    load("frame1.RData) 再次使用RData时的加载命令

    (5)提取元素

    X[x,y] 第x行第y列
    X[x,] 第x行
    X[,y] 第y列
    X[y] 第y列
    X[a:b] 第a列到第b列
    X[c(a,b)] 第a列和第b列
    X$列名 提取一列

    (6)直接使用数据框中的变量

    提取某两列做散点图:
    a <-data.frame(case=paste("S",c(1:50)),values=runif(50)) plot(a$case,a$value)

    其他方法:

    • attach: attach(a)
      plot(case,values)
    • with: with(a,{ plot(case,values) x<<-summary(values) }) x
      这个没太懂

    三、一些问题

    1. Data Frame

    Data Frame=数据框=R中的表(由行和列组成)

    2. with&without 不太懂

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