纵观尼采一生思想的发展，可以分为三个时期，与尼采曾有恋情的莎乐美在其《尼采论》中，曾经提到这个“三阶段说”。尼采自己在其著作中，也说过所谓接触道德超越的途程分为三种精神形态，即指虔敬、服从而学习的精神，破坏、批判而试作对价值重新估价的自由精神以及肯定、创造地对命运之爱的精神，他的主要著作《查拉图斯特拉如是说》的第一部中《三种变形》章里，也有“骆驼/狮子/孩童”的精神发展论。
以上述的标准加以区分，尼采思想的展开，可以分前、中、后三个时期：
前期（1869—1875），在对古代希腊悲剧和哲学的研究中，深受叔本华和瓦格纳影响的时期。在这个时期，他发表了《悲剧的诞生》（1872，在这部著作中尼采所提出的是面对存在的悲剧性，希腊人如何凭借悲剧精神以克服悲观厌世的苦闷问题）和《不合时宜的思想》等书。
中期（1876—1882），超越叔本华与瓦格纳，向着怀疑和虚无主义突进的精神彷徨时期。在这个时期，他发表了《人性的，太人性的》（1876—1879）、《曙光》（1880—1881）和《快乐的知识》（1881—1882）前四部分等书。尼采在哲学上否定了叔本华的悲观主义，在音乐上否定了瓦格纳的浪漫主义。尼采叹息瓦格纳竟然成了宗教的虔诚者，在瓦格纳身上再也看不出狄俄尼索斯的踪迹，瓦格纳再也不是希腊悲剧精神的化身了。尼采想从瓦格纳音乐中找寻叔本华哲学出路的梦想破灭，尼采似乎无所寄托，他的精神彷徨了一段时间。这个时期是他思想展开的中期，也就是他的破坏时期。
尼采认为，以往人类并没有走上他们所愿意走的正确道路。他们完全处在一种否定、堕落和颓废价值的支配之下，因此，他觉得道德价值的起源问题是一个最重要的问题，因为它是决定人类未来命运的关键所在。以往，要我们相信，我们人类处在一种最好的情形下，圣经可以作为我们神圣的指南。其实，人类处在最坏的情形下，人类一向被那些吸血者，被虚伪贪婪的教士所支配。我们要改变这种情形，要摆脱这种情形，《曙光》这本书，就是开始这个改变和摆脱的活动。尼采在自传中说，要建设新的价值，就必须破坏一切旧的价值，这个时期的尼采，完全在从事破坏工作。他开始对一切价值重做估价，扫荡一切基督教的道德观念，他认为基督教的道德观念，不但是颓废的道德观念，而且是一切新价值的障碍，不扫荡这些颓废价值，便无法建立新的价值，所以，他大肆破坏。这个时期的尼采，摆脱了叔本华和瓦格纳而向着怀疑和虚无主义出发。
后期（1881—1888），透过与虚无主义的对立，其主要思想渐次充实展开，是向疯狂中突进的时期。这个时期的作品是《查拉图斯特拉如是说》（1883—1885）、《善恶的彼岸》（1884—1885）、《道德的系谱》（1887）、《快乐的知识》（第五部分，1887）、《偶像的黄昏》（1888）、《反基督》（1888）以及《瞧！这个人》（1888，即本书）等。死后他的妹妹伊丽莎白把他生前著作断片整理成《权力的意志》一书，也是这个时期的作品。
经过怀疑和虚无主义的破坏阶段以后，尼采终于发现了自己，他的主要思想内容渐次充实而展开。这个时期的作品很多，其中最重要的，也是他思想的结晶：《查拉图斯特拉如是说》。这本书的基本观念——永恒轮回，是在1881年8月间形成的。所谓“永恒轮回”是说这个宇宙永远是重复着那已经存在的东西，没有什么新的东西产生。人类面对着这样一个宇宙，就像一个工人经年累月地面对着一部做同样活动的机器一样，工人面对着这样一部机器，总有一天会感到厌烦，人类将永陷于虚无主义的死结中。要摆脱虚无主义的死结，人类唯有勇敢地接受这个命运，不要诅咒命运，而要对它产生一种爱，这就是尼采所谓“对命运的爱”。
尼采一生的思想都是对虚无主义的超越。他三个时期思想的展开，都可以拿这个观念连贯起来。在《悲剧的诞生》中所提出的问题，是希腊人在面对存在的悲剧时，如何借助悲剧创造克服厌世悲观主义的苦闷问题。而尼采认为厌世主义乃虚无主义的先前状态，因此，《悲剧的诞生》中的问题，根本上也是虚无主义的克服问题。他中期的批判、怀疑和破坏工作，是彻底的虚无主义，“永恒轮回”是这种彻底虚无主义的具体表现。尼采的彻底虚无主义，是为了享受超越虚无主义的喜悦。
尼采打破只以人为理性存在的观念，揭发理性主义的流弊，把人类一层层地发掘到非合理的生命根源，因而形成生命哲学的主流。当揭开生命的神秘之幕时，的确曾感受生命的烦恼，可是凭借悲剧意识，又从生命的烦恼中净化出来，重新感受生命的喜悦。当代存在主义哲学的中心课题，就是发掘生命的最深处，因此，我们说尼采是存在主义的先驱。
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