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PCAWG计划-原发肿瘤的WGS数据整合分析

PCAWG计划-原发肿瘤的WGS数据整合分析

作者: 因地制宜的生信达人 | 来源:发表于2020-01-26 15:14 被阅读0次

    TCGA的Pan-Cancer早在2013就系统性提出来并且规划好了,见Nat. Genet. 2013 45:1113),因为TCGA计划涉及到数据类型比较多,仅仅是DNA层面就有WGS、WES、SNP6.0芯片的数据,其中一万多个病人里面有WGS数据的有两千多个病人,而PCAWG计划就是整合所有的WGS数据结果。

    ICGC是官网

    https://dcc.icgc.org/pcawg 写清楚了两千多个病人的WGS数据来源于哪些项目哪些癌症

    同样的,也介绍了ngs数据量,可以看到bam文件是主力:

    有4个地方可以浏览探索这些数据

    在文章 Online resources for PCAWG data exploration, visualization, and discover 有介绍这4个工具:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/163907v5

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