从vcf文件提取exon中的snp和Indel

首先制作bed格式的文件包含基因组全部的外显子区域坐标如下：

#download gff3 file
wget -c http://rice.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.gff3

cmd:perl -alne '{print if $F[2] eq "exon"}' all.gff3 |cut -f 1,3,4 > exon.bed

$head exon.pos
Chr1    2903    3268
Chr1    3354    3616
Chr1    4357    4455
Chr1    5457    5560
Chr1    7136    7944
Chr1    8028    8150
Chr1    8232    8320
Chr1    8408    8608
Chr1    9210    9617
Chr1    10104   10187

从vcf文件中提取位于exon区域的变异位点

cat sample.vcf | java -jar ~/biosoft/new-snpEff/snpEff/SnpSift.jar intervals /disk3/name/MSU/gff/exon.pos >exon.vcf