环境设置

使用nextflow，主要有2种方式：

1. 本地安装 如果你熟悉docker和git，或者离线工作模式，这是首选的方式；
2. 使用gitpod，这对于初学者友好，因为这个平台包含了所需要的程序和数据。只需要点击链接并且使用GitHub账户登录即可使用教程。

1.1本地安装

Nextflow 可用于任何 POSIX 兼容系统（Linux、macOS、Linux 的 Windows 子系统等）。

• Bash
• Java 11（或更高版本，最高为18 ）
• Git
• Docker

本教程的可选要求

• Singularity2.5.x（或更高版本）
• Conda4.5（或更高版本）
• Graphviz
• AWS Cli
• 配置好的 AWS Batch 计算环境

1.1.1下载 Nextflow

在您的终端中输入此命令：

wget -qO- https://get.nextflow.io | bash

或者，如果你更喜欢curl：

curl -s https://get.nextflow.io | bash

然后确保下载的二进制文件是可执行的：

chmod +x nextflow

并将nextflow可执行文件放入您的$PATH（例如/usr/local/bin或/bin/）

1.1.2 Docker

确保您的计算机上正在运行 Docker Desktop。在此处下载 Docker 。

1.1.3培训材料

您可以在此处查看培训材料：https://training.nextflow.io/

要下载材料，请使用以下命令：

git clone https://github.com/nextflow-io/training.git

然后cd进入nf-training目录。

1.1.4检查安装

nextflow通过运行以下命令检查安装是否正确：

nextflow info

这应该显示当前版本、系统和运行时。

1.2 Gitpod

使用 Gitpod 可以使用预配置的 Nextflow 开发环境。

要求

• 一个 GitHub 帐户
• 网络浏览器（谷歌浏览器、火狐浏览器）
• 网络连接

1.2.1 Gitpod快速入门

运行 Gitpod：

• 点击以下网址：nextflow-io/training
  • 这是我们的 GitHub 存储库 URL，前缀为https://gitpod.io/#
• 登录到您的 GitHub 帐户（并允许授权）。

登录后，Gitpod 应该会加载（skip prebuild if asked）。

1.2.2探索你的 Gitpod IDE

您现在应该看到类似于以下内容的内容：

image.png

• 侧边栏允许您自定义 Gitpod 环境并执行基本任务（复制、粘贴、打开文件、搜索、git 等）。单击资源管理器按钮以查看此存储库中有哪些文件。
• 终端允许您运行存储库中的所有程序。例如，nextflow和docker都已安装并可以执行。
• 主窗口允许您查看和编辑文件。单击资源管理器中的文件将在主窗口中打开它。您还应该看到 nf-training 材料浏览器 ( https://training.nextflow.io/ )。

要测试环境是否正常工作，请在终端中键入以下内容：

nextflow info

这应该会提供 Nextflow 版本和运行时信息：
Version: 22.10.4 build 5836
Created: 09-12-2022 09:58 UTC
System: Linux 5.15.0-47-generic
Runtime: Groovy 3.0.13 on OpenJDK 64-Bit Server VM 17.0.3-internal+0-adhoc..src
Encoding: UTF-8 (UTF-8)

1.2.3 Gitpod资源

• Gitpod 每月提供 500 个免费积分，相当于使用标准工作区（最多 4 个内核、8 GB RAM 和 30 GB 存储）的 50 小时免费环境运行时间。
• 还有一个大型工作区选项，可提供多达 8 个内核、16GB RAM 和 50GB 存储空间。但是，大型工作区会更快地使用您的免费积分，并且您访问该空间的时间会更少。
• Gitpod 将在 30 分钟不活动后超时，并将保存你的更改达约2 周（请参阅下一节以重新打开超时会话）。

有关详细信息，请参阅gitpod.io 。

1.2.4重新打开 Gitpod 会话

您可以从https://gitpod.io/workspaces重新打开环境。在列表中找到您以前的环境，然后选择省略号（三点图标）并选择打开。

如果您已经保存了之前 Gitpod 环境的 URL，您只需在浏览器中打开它即可。

或者，您可以通过以下 Gitpod URL 启动一个新工作区： https: //gitpod.io/#https ://github.com/nextflow-io/training

如果您丢失了环境，您可以在该目录中找到本教程中使用的主要脚本（main script）nf-training。

1.2.5将文件从 Gitpod 保存到本地机器

要从资源管理器面板保存任何文件，请右键单击该文件并选择下载。

1.2.6培训材料

可以在浏览器中访问培训课程，网址为https://training.nextflow.io/

1.3选择 Nextflow 版本

默认情况下，Nextflow 会拉取（pull）最新的稳定版本。可以在 GitHub上查看最新版本。

如果要使用特定版本的 Nextflow，可以NXF_VER如下所示设置变量：

export NXF_VER=22.04.5

笔记

本教程研讨会需要NXF_VER=22.04.0或更高版本。此版本将默认使用 DSL2。

再次运行nextflow -version以确认更改已生效。