将文件导入R 新手村任务 导入R 一大门槛

Error: unexpected input in "gse72815 <- read.table('Referdatacounts/GSE72815_series_matrix.txt.gz'，"
Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, :
line 1 did not have 6 elements
你在导入文件的时候是不是也经常遇到这种报错呢？
这个文档特指在导入GEO的GSE****_series_matrix.txt.gz 时候，我就是，面对着这个文件内的一些东西头疼的很，刚开始学GEO的时候，老师搞不定。
但是现在有一些窍门了。
这种文件有一个窍门。假如你下载下来有几M，那么你的表达谱数据也大概率在里面。
这种数据是GEO的一个特定格式，有一个函数可以特定的读取的

library(GEOquery) 
gse_number = "GSE72815"    
gset = getGEO(gse_number,destdir = 'Referdatacounts/',getGPL = F)  #记得把文件地址改了，改成你的
gse72815=exprs(gset[[1]])

这样子是读取本地的，你也可以把其余参数去掉，只剩下GSE号码，这样的话就是下载数据了。但是大数据不推荐，下载的太慢了。

还有一种情况，你下载了，但是里面没有表达矩阵。
你就遇到了这种的表达矩阵

image.png

一读就报错，诶这个不典型，换一个

image.png
行吧，这个也不典型，都是俩csv，直接read.csv就行了

我想告诉你的是，你可以

image.png
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image.png

他就直接给你了代码，可以直接复制，然后，不用再一个一个的调参数读取了，很方便吧
快去试试吧