安装所需的软件和数据

安装所需的软件和数据

安装R

R是一种专注于统计，数据科学和可视化的计算机语言。可以将其安装在所有常见的操作系统上。R可以在这里下载：

https://cran.r-project.org/

安装RStudio

RStudio是一个“集成开发环境”（IDE），是一种“带有附加编程相关工具的文本编辑器”的奇特方式。RStudio使使用R更加容易，但并不需要使用R。大多数R用户似乎都在使用RStudio。RStudio的主要版本是免费和开源的，可以在这里下载：

https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download

安装所需的R软件包

除了每个R安装附带的工具外，通常还安装R包，这些R包是一组以标准化方式捆绑在一起的工具，使它们易于安装。事实上，作为R中使用的大多数功能是不同于R封装，而不是基础R。

vegan：实施许多用于生态研究的标准统计技术。被phyloseq和等软件包广泛使用metacoder。（Dixon 2003）

metacoder：分类数据的操纵和可视化，尤其是来自扩增子宏基因组学研究的分类数据。（Foster，Sharpton和Grünwald2017年）

taxa：定义分类类别和功能来操纵它们。目标是将这些类用作其他R包可以构建和使用的低级基础分类学类。由使用metacoder。（Foster, Chamberlain, and Grünwald 2018)

phyloseq：流行的软件包，带有用于分析和可视化微生物组数据的工具（McMurdie和Holmes，2013年）。

ggplot2：很棒的绘图程序包。（Wickham 2009）

dplyr：一个用于通过具有内聚性和直观性的命令集来处理表格数据的软件包。基R方法的一种流行替代方法。（Wickham和Francois，2015年）

readr：使从文件中读取表格数据更容易。

stringr：用于文本操作的函数。

agricolae：用于设计和分析实验，尤其是与植物相关的实验。

ape：用于DNA序列分析和系统发育的流行软件包。

在此处可以找到更多对微生物组数据分析有用的R资源：

https://microsud.github.io/Tools-Microbiome-Analysis/

可以在R控制台中输入以下脚本来安装这些软件包：

# Install phyloseq from Bioconductor

source('http://bioconductor.org/biocLite.R')

biocLite("phyloseq")

# Install the rest of the packages from CRAN

install.packages(c("vegan","metacoder","taxa","ggplot2","dplyr","readr","stringr","agricolae","ape"),repos ="http://cran.rstudio.com",dependencies =TRUE)

如果安装不起作用，请尝试一次安装一个软件包（例如install.packages("taxa")），然后查找错误消息。通常，问题在于有一个非R依赖项需要安装，而如何安装将取决于您的操作系统。将错误消息复制到Google通常可以帮助您解决问题。如果一个包已经正确安装，你应该能够加载它library（例如library(phyloseq)）。

您可以通过打开RStudio并运行以下代码来测试软件是否已正确安装。如果您需要使用R或RStudio的帮助，请查看附录。

library(metacoder)

x = parse_tax_data(hmp_otus,class_cols ="lineage",class_sep =";",class_key =c(tax_rank ="info",tax_name ="taxon_name"),class_regex ="^(.+)__(.+)$")

heat_tree(x,node_label =taxon_names,node_size =n_obs,node_color =n_obs)

如果看到上面的图，那么恭喜！如果看不到该图，请通过电子邮件将以下代码的结果发送给我们，以帮助我们解决问题。

sessionInfo()