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生信(四)命令行并行化工具GNU parallel

生信(四)命令行并行化工具GNU parallel

作者: 生信了 | 来源:发表于2019-11-21 17:12 被阅读0次

    原创:hxj7
    关键词:parallel

    我们在日常工作中经常要“批量”处理一些任务,比如“批量”解压目录下的gz文件。当然,用shell写一个for循环是很简单就可以实现的,比如下面这样:


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    或者像这样利用xargs命令:


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    或者利用find命令:
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    但是这样的操作往往是很耗时的,因为它是“顺序”执行的,也就是说如果有f1.gz,f2.gz,f3.gz这三个压缩文件的话,f2.gz必须要等f1.gz解压完成后才能开始解压。同理,f3.gz也必须要等f2.gz解压完成后才能开始解压。

    那有没有一种方法可以同时解压这三个文件呢?答案就是并行化处理。一般并行化的背后是多线程或者多进程。比如,可以利用Python的threading(多线程模块)或multiprocessing模块(多进程模块)来实现并行化。但是,操作Python模块的做法显得有些“笨重”,有没有更简单的方法,比如命令行工具呢?GNU parallel就是基于此目的开发的命令行并行化工具。

    让我们来看看parallel是如何并行化处理上面的例子:

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    parallel的更多用法请参考其项目主页(http://www.gnu.org/software/parallel/)。

    (公众号:生信了)


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