Hmmer搜索同源序列

仅供参考，另外运行过程中生成的hmm文件和out文件可能不在HMMER文件夹中，而可能存在于用户名的文件夹中，所以很麻烦，找不到的可以在电脑全局搜索你的磁盘，hmm文件和out文件都可以用notepad++打开。

用序列搜索序列：

建立hmm模型：

1.将完全比对好的序列，我用clustalx生成clustal文件，后缀是aln

2.用在线网站把比对后的文件转换成stockholm格式:

http://sequenceconversion.bugaco.com/converter/biology/sequences/clustal_to_fasta.php

3.打开windows终端命令界面，直接把hmmbuild.exe程序拖进窗口，会出现这样的情况：

C:\Users\Ailin>E:\hmmer3.0_windows\hmmbuild.exe

可以直接用，例子： C:\Users\Ailin>E:\hmmer3.0_windows\hmmbuild.exe name.hmm E:\hmmer3.0_windows\name.stockholm（其中E:\hmmer3.0_windows\sample.stockholm也是直接拖过来的）

其命令其实是这样的：hmmbuild name.hmm name.stockholm

但是我的电脑要加环境变量才能读取数据，拖进去直接就有环境变量。

搜索同源序列：

C:\Users\Ailin>E:\hmmer3.0_windows\hmmsearch.exe E:\hmmer3.0_windows\name.hmm E:\hmmer3.0_windows\name.fa>name.out

其命令其实是：hmmsearch name.hmm name.fa>name.out

hmmsearch直接拖进去后，空格，直接拖进去hmm文件，空格，再直接拖进去需要寻找序列的库，最后加上>name.out/name.fa即可

用Pfam的domain搜索统所需的序列：

首先知道你要寻找的domain的Pfam编号，用序列在结构域预测工具中都能搜索的到。

进入pfam关键词搜索你的编号，点击左边Alignments，在Format an alignment中的format中选择stockholm。下载的是txt文件，但是直接改后缀就可以了。

其余步骤和上述一样。