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10X单细胞免疫图谱分析汇总

10X单细胞免疫图谱分析汇总

作者: 单细胞空间交响乐 | 来源:发表于2022-11-15 14:56 被阅读0次

作者,Evil Genius~~

新的一周,天气变冷了,大家努力科研工作的同时,注意保暖,毕竟身体是革命的本钱。

相比较单细胞转录组,ATAC和VDJ的文章相对较少,当然了,分析起来也没有单细胞转录组那么容易,所以就导致了一般大家做单细胞都是3端转录组,ATAC和VDJ一般不考虑,不考虑不代表不重要,只是ATAC和VDJ需要更深的研究背景,更强的科研和分析能力。说起这方面,不得不说国外的研究者比国内要专业的多。

好了,这一篇我们来汇总一下单细胞VDJ的分析,希望大家不要非在单细胞3端转录组上卷,毕竟ATAC和VDJ做的人不多,路比较宽,稍微走一走,就会达到事半功倍的效果,如果非要在单细胞转录组上卷,那付出的努力要更多才行,而且往往是事倍功半。

当然免疫相关的分析我也专业性不强,这也从侧面说明了VDJ分析的巨大潜力和研究价值,希望大家能在宽松的赛道上飞奔,而不是在单细胞转录组赛道上堵车。肿瘤细胞通过基因突变产生新抗原(Neoantigen),新抗原通过MHC分子呈现在细胞表面,随后被T细胞识别。新抗原具有很强的免疫原性,因为它们只存在于肿瘤中,而不存在于正常组织中。然而,大多数新抗原是独一无二的,患者之间存在差异,因此新抗原疫苗需要作为个性化疫苗专门为每个患者生产,这也限制了其临床应用。

文章Single-cell profiles reveal distinctive immune response in atopic dermatitis in contrast to psoriasis
杂志:Allergy
时间:2022年9月
样本类型: skin and pbmc
取样策略:不同条件下的皮肤样本和pbmc样本(两组皮肤病,轻型和重型分别取样)


分析策略:两组病人(PS and AD),血液样本和皮肤样本分开整合注释(所以不要一味的做整合分析)。

TCR分析策略:克隆丰度及组织部位之间的共享克隆(注意这里比较了相同细胞类型的TCR分布差异,不同病人及不同组织部位之间的差异,体现不同病人、不同组织部位之间的免疫特征)

文章A CMV-induced adaptive human Vδ1+ γδ T cell clone recognizes HLA-DR
杂志:Journal of experimental medicine
时间:2022年9月
样本类型: pbmc(individuals or HSCT patients)
VDJ分析策略:VDJ单基因丰度分析(这个主要是不同条件下计算出来的VDJ差异基因)、差异VDJ丰度的组合变化


识别出丰度变化的VDJ基因的配体序列(这个需要实验验证了)
Identification of HLA-DR as a ligand for TCR04 and TCR05
识别出VDJ的配体之后,就可以分析HLA-DR激活的VDJ序列组成
Requirements for γδ TCR activation by HLA-DR
总之一句话,先分析VDJ单基因的差异,然后对V、D、J分析到的丰度变化的基因看是否是VDJ组合,通过这种组合推断上有的配体(这一步最难),进而指导临床应用。

文章Midkine expression by stem-like tumor cells drives persistence to mTOR inhibition and an immune-suppressive microenvironment,这篇文章希望大家认真读一读。
杂志:Nature Communications
时间:2022年8月
样本类型:angiomyolipoma tumor and normal
VDJ分析策略:细胞亚型之间的克隆相关性及分化轨迹(主要查看肿瘤组织内的 T-cell clonal expansion)

文章scRNA-seq of gastric tumor shows complex intercellular interaction with an alternative T cell exhaustion trajectory
杂志:Nature Communications
时间:2022年8月
样本类型: gastric tumor 、临近tumor的组织,pbmc

取样策略及基础注释
VDJ分析策略:VDJ丰度,VDJ共享序列分析,VDJ序列与轨迹分析相结合分析变化(克隆迁移)

文章TDO2+ myofibroblasts mediate immune suppression in malignant transformation of squamous cell carcinoma
杂志:Journal of Clinical Investigation
时间:2022年7月
样本类型: 鳞状细胞癌
取样策略:


VDJ分析策略:克隆丰度的变化,尤其是在演化过程中的变化

文章Integrated transcriptome and trajectory analysis of cutaneous T-cell lymphoma identifies putative precancer populations
时间:2022年8月
杂志:Blood Advances
分析策略:


VDJ分析策略:首先丰度分析

细胞演化过程的VDJ丰度变化

文章Single‐cell transcriptomic atlas reveals distinct immunological responses between COVID‐19 vaccine and natural SARS‐CoV‐2 infection
时间:Jul 2022
杂志:Journal of Medical Virology
样本类型:pbmc(新冠)
基础分析策略 + 基础注释


VDJ分析策略:BCR和VDJ序列组合的变化

文章Single-Cell Sequencing Reveals Trajectory of Tumor-Infiltrating Lymphocyte States in Pancreatic Cancer
时间:Jul 2022
杂志:Cancer Discovery
样本类型:Pancreatic ductal adenocarcinoma(normal 和 tumor)
基础分析策略:


VDJ分析策略:轨迹分析 + VDJ丰度变化



文章Integration of tumor extrinsic and intrinsic features associates with immunotherapy response in non-small cell lung cancer
时间:Nature Communications
杂志:2022年7月
样本类型:non-small cell lung cancer
VDJ分析策略:克隆类型的扩增分析


文章Single-cell immunoprofiling after immunotherapy for allergic rhinitis reveals functional suppression of pathogenic TH2 cells and clonal conversion
时间:2022年6月
杂志:Journal of Allergy and Clinical Immunology
样本类型:Allergic rhinitis
VDJ分析策略:不同反应病人的VDJ主要序列的变化



同时也伴随着轨迹分析过程中克隆扩增的变化

好了,更多的文章就留给大家自己总结了,我们来总结一下VDJ分析近期文章的主要思路:

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