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fastp报错,GLIBCXX_3.4.26 not found

fastp报错,GLIBCXX_3.4.26 not found

作者: share83 | 来源:发表于2023-01-20 23:20 被阅读0次


问题:

在进行转录组数据分析时,需要用到fastp软件进行数据过滤,本生信小白在第一次使用过程中,遇到如下报错:

解决步骤:

看了一下,应该是缺少GLIBCXX3.4.26与GLIBCXX3.4.22两个版本。

复制报错代码,必应搜索,是libstdc++.so.6的版本不够高。有很多解决方法,大体如下:

找到 /usr/lib/文件夹下的libstdc++.so.6,输入命令:

strings ./usr/lib/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX

发现确实没有3.4.26和3.4.22,按照搜索到的方法,下载libstdc.so_.6.0.26.zip

http://www.vuln.cn/wp-content/uploads/2019/08/libstdc.so_.6.0.26.zip

解压后,上传至服务器lib文件夹下,

删除文件夹下原来的的libstdc.so_.6软链接

再重新建立libstdc.so_.6软链接,输入代码如下:

ln -slibstdc.so_.6.0.26libstdc.so_.6

 完毕,重新输入命令strings ./usr/lib/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX

        发现GLIBCXX3.4.26与GLIBCXX3.4.22都出现了。


再次输入fastp -h,居然还是不行,报错依旧。

仔细想了一下,因为我是在rna小环境中运行fastp,应该改动小环境中lib文件下的libstdc++.so.6文件才对。

再次动手,找到服务器上~/miniconda3/envs/rna下的lib文件夹,重复上述操作。

再次在rna小环境下运行fastp -h,成功搞定。

感想:

1、遇到的问题大概率不是我一个人遇到,前人肯定有遇到,搜索是个好办法;

2、linux下运行程序要有小环境的概念,程序给予小环境运行,改动相应的小环境才能对该环境下的程序运行有效。

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