伊犁将军在其于乾隆二十七年（1763年）设立以后，在清朝于新疆建省前，就一直是清朝在新疆当地的最高权力机构。而在光绪年间，新疆建省后，情况又为之一变，伊犁将军的职权大为缩小，总的来说由新疆巡抚管理全疆的军政和民政，但是伊犁将军做为昔日的驻防大员仍然是地位特殊，并不受新疆巡抚节制，下面就来分段讨论一下。
伊犁将军设立及其职权范围
乾隆二十四年（1759年），清廷消灭准噶尔汗国以及大小和卓分裂势力后，那么治理新疆天山南北两路的问题就提上了日程。于是在乾隆二十五年（1760年），参赞大臣阿桂由阿克苏领兵到伊犁就任办事大臣，此伊犁设官之始。在乾隆二十七年（1763年）十月，清政府颁旨正式设立伊犁将军，从其谕旨上看，伊犁将军就是统辖新疆的最高军政军政长官，“伊犁为新疆都会，现在驻兵屯田，自应设立将军，总管事务，昨已简用明瑞，往膺其任，著授为总管伊犁等处将军，所有敕印旗牌，该部照例颁给。”
关于伊犁将军的职权范围，史书记载颇多。根据清代新疆第一部官修志书《西域图志》所言，为“统辖天山南北各新疆地方、驻防官兵遣调事务”。而《钦定新疆识略》对伊犁将军的职权范围作了更为详细的说明，谓“节制南北两路，统辖外夷部落，操阅营伍，广辟屯田。应办事件印房营务处、粮饷处、驼马处及文武各员分司之”。所以，伊犁将军做为武职无疑是突出管理军政的职能的。
除了军政，伊犁将军还管理民事，其下设有理事同知、抚民同知、巡检等官，很显然其职权范围也包括核征赋税、旗民交涉、监狱词讼等民事项目，伊犁将军还会定期派员巡察卡伦和考察官吏。
所以，伊犁将军的职权范围还是非常广的，大体就是统率驻军、考察官吏、屯田置牧、核征赋税、管理卡伦、办理藩属事务等项，从明面上看，伊犁将军统辖地域辽阔、军队众多，可谓是位高权重，在清代的驻防将军中有着独一无二的地位。
伊犁将军府
但是这也只是清廷给予伊犁将军理论上的法定权限。从表面上看，“伊犁将军总统南北军政，自都统、参赞以下，并受节制，礼制最崇”，但是在具体行政上，清廷却给予了极大的限制，在办理事务的过程中，其大多数权限是在其直辖的伊犁军政区所拥有的权力，其余如乌鲁木齐都统、总理南疆事务的喀什噶尔参赞大臣都有很大的自主权，并不完全听命于伊犁将军。
就如乾隆三十年（1765年），回疆爆发乌什事件，伊犁将军明瑞迅速起兵镇压，当时的喀什噶尔参赞大臣纳世通为了争功居然行文阻止明瑞进兵，乾隆皇帝在盛怒之下将纳世通处死，明瑞才得以进兵。
再如在人事权这个问题上，伊犁将军的人事权仅及于他自己的直辖区，对南疆、乌鲁木齐地区的影响力也非常有限。在南疆，阿奇木伯克就是由喀什噶尔参赞大臣任命的，不必通过伊犁将军批准。
综上所述，伊犁将军和乌鲁木齐都统、喀什噶尔参赞大臣很大程度上只有表面上的隶属关系，实际施政权限比法定权限小太多。
新疆改省后的伊犁将军
清廷在新疆建省后，先后裁撤了各地的参赞大臣、办事大臣、领队大臣等职务。全疆被分为镇迪道、伊塔道、阿克苏道、喀什噶尔道四道，由加兵部尚书衔的新疆巡抚总领其政，新疆巡抚既是全疆最高行政长官，又是全疆的军事长官，理论上全疆的军政、民政自有新疆巡抚节制。
伊犁将军府
但这也仅仅是理论上，伊犁将军在新疆政体改革后，由于地位特殊，得到保留，但不再具有总统全疆军政的法定权限，权力大大缩小，“将军亦无庸总统全疆，免致政出多门，巡抚事权不一”，在改制后，伊犁将军实际负责管理四道中的伊塔道、军务上统率伊犁镇的镇标和塔尔巴哈台的满营及锡伯、索伦、察哈尔、厄鲁特各营。
而新疆巡抚并不能节制伊犁将军，尤其是在军事上，清朝在伊犁的驻军是直接听命于伊犁将军的，新疆巡抚不能过问。也就是说新疆建省后，巡抚只能直接指挥自己的抚标、喀什噶尔提标、阿克苏镇标、巴里坤镇标，而要调动伊犁镇标得伊犁将军点头才行。很显然，伊犁将军在伊塔道地面上仍然有着极大的自主权，与直接管理其他三道的新疆巡抚形成了分治的局面。
综上所述，在新疆建省之后，巡抚自然是全疆的最高军政长官，做为封疆大吏管理新疆。而伊犁将军的权力虽然远远小于新疆巡抚，但二者并不构成上下级的隶属关系，新疆巡抚当然也不能节制伊犁将军。
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