来试试我的第一个小R包

花花写于2020-03-07

1.安装和加载

如果是初次使用，可用如下代码安装和加载：

if(!require(devtools))install.packages("devtools")
library(devtools)
if(!require(tinyplanet))devtools::install_github("xjsun1221/tinyplanet",upgrade = F)
library(tinyplanet)

如果是卸载重装，可用如下代码：

detach("package:tinyplanet") #允许报错
remove.packages("tinyplanet") 
if(!require(devtools))install.packages("devtools")
library(devtools)
if(!require(tinyplanet))devtools::install_github("xjsun1221/tinyplanet",upgrade = F)
library(tinyplanet)

2.使用

可以正常查看帮助文档，用?函数名的方式查看即可。

2.1 dumd 函数

统计数据框每列的重复值及重复的次数，例如iris

dumd(iris)
#> # A tibble: 5 x 2
#>   colname      count
#>   <chr>        <int>
#> 1 Petal.Length    43
#> 2 Sepal.Length    35
#> 3 Sepal.Width     23
#> 4 Petal.Width     22
#> 5 Species          3

2.2 四个自定义作图函数

这些图主要是针对差异分析的几个可视化图，把我喜欢和常用的风格写成了函数，依赖了不少其他的包，在安装我的小包时会帮你把这些依赖包也下载好。

这些函数如何用于差异分析流程，我会继续写的。如果你有一些基础，尤其是如果上过我的课，应该是可以很容易看懂，可以直接拿去用的~

# pca图
draw_pca(t(iris[,1:4]),iris$Species)

image.png

# 差异基因热图
exp = matrix(abs(rnorm(60,sd = 16)),nrow = 10)
exp[,1:3] <- exp[,1:3]+20
colnames(exp) <- paste0("sample",1:6)
rownames(exp) <- paste0("gene",1:10)
exp[1:4,1:4]
#>        sample1  sample2  sample3   sample4
#> gene1 38.67613 29.14448 21.92881 12.061486
#> gene2 48.27199 28.32472 35.09922 10.410522
#> gene3 64.30529 34.95223 20.74459 13.678865
#> gene4 21.53832 48.81666 38.29281  4.678741
group_list = rep(c("A","B"),each = 3)

draw_heatmap(exp,group_list)

image.png image.png

# 火山图
data("des")
head(deseq_data)
#>                  baseMean log2FoldChange      lfcSE      stat        pvalue
#> hsa-mir-210    8477.61756       2.999675 0.12351512  24.28589 2.763408e-130
#> hsa-mir-122      66.55815       6.533945 0.27575590  23.69467 4.091886e-124
#> hsa-mir-155    1676.87858       3.490095 0.15302583  22.80723 3.887416e-115
#> hsa-mir-106b    863.34927       1.170438 0.05143452  22.75589 1.254723e-114
#> hsa-mir-508     128.07750      -4.514783 0.19906028 -22.68048 6.982192e-114
#> hsa-mir-21   482523.17286       2.168263 0.09914140  21.87041 4.970741e-106
#>                       padj
#> hsa-mir-210  1.525401e-127
#> hsa-mir-122  1.129361e-121
#> hsa-mir-155  7.152846e-113
#> hsa-mir-106b 1.731517e-112
#> hsa-mir-508  7.708340e-112
#> hsa-mir-21   4.573082e-104
draw_volcano(deseq_data)

image.png

draw_volcano(deseq_data,pvalue_cutoff = 0.01,logFC_cutoff = 2)

image.png

# 三大R包选出的差异基因的韦恩图
x = sample(1:100,30);y = sample(1:100,30);z = sample(1:100,30)
draw_venn(x,y,z,"test")

韦恩图有一点注意，需要按照deseq2，limma，edgeR的顺序作为输入。
后续添加函数、做出修改等等，我将在简书中继续更新。

这些函数只是我拿来测试学习怎么写包，有一些地方值的改进，欢迎提出意见。