昨天我们介绍了ICGC来浏览PCAWG数据的基本功能。昨天的那样介绍，稍微有一些零散，所以我们可以假设一个例子来使用ICGC数据库分析一下看一看。
以下是随便想的一个课题，如有雷同，纯属巧合。
科研假设
基因突变有很多种类型，其中核苷酸的插入有可能影响基因的蛋白的编码。所以对于基因突变插入的研究是是很重要的。
对于实体肿瘤而言，很多肿瘤都处于一个环境当中，例如消化道的三个肿瘤：食管、胃和肠。对于处于相同环境的肿瘤，其发病机制有可能是相同的。
综上，我们就想研究插入突变对于消化道肿瘤的影响。
1. 三个肿瘤基因突变插入的影响
既然要研究三个肿瘤当中插入突变的影响。那首先第一步我们就需要查看不同肿瘤当中对于突变插入的影响。这里我们以食管癌举例：
1.1 查看食管癌当中插入突变的结果
在ICGC的数据库的筛选栏当中，我们在 Donors中的样本类型当中选择食管，在Mutations中的突变类型选择插入。这样就获得食管癌当中和插入突变有关的基因都有哪些。经过筛选，我们发现有17,552个基因和插入突变有关。
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1.2 插入突变基因基因特征分析
在知道了和食管癌相关的插入突变的结果之后，我们可以对这些结果先进行一下简单的分析。
首先我们可以通过oncoplot来观察突变的类型。
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另外我们可以对这些有插入突变的基因进行富集分析。观察突变的这些基因主要影响什么功能。
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在对这个结果进行了简单的分析之后，我们可以保存这个基因集的结果，以便后续进行的交叉分析。
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重复以上筛选和分析的步骤，我们就可以分别得到三个癌种当中对于插入突变相关基因的结果了。
2. 多癌种交叉分析
在👆的数据筛选和分析过程当中，我们可以获得三个不同癌种当中和插入突变有关的基因数据集。这个时候，我们可以对着三个数据集进行交叉分析。来寻找和三个癌种都有关系的突变基因。
ICGC提供了交叉分析的入口。我们可以在Data Analysis当中使用Set Operations来进行交叉分析。在这里我们选择Select就可以选择数据集进行交叉了。
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在Select里面选择我们之后筛选获得的三个数据集。点击Run即可获得结果。
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最终我们可以发现有269个基因的插入突变在三个癌当中都有发生。
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我们点击结果当中的269即可查看所有的这些269个基因是什么。
3.数据的进一步分析
经过上面的分析，我们发现了有269个基因的插入突变会影响。但是我们研究的话，不能把269个基因都进行研究的。所以要挑选一个来进行研究的。在269个基因当中，有一些是反义链lncRNA。由于lncRNA也算比较火。所以我们就想要看哪个lncRNA的突变对于肿瘤有影响的。
所以我们在基因类型里面选择反义链。最后发现了有13个反义链的lncRNA和三个癌症有关。
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进一步，为了说明突变的重要性，我们查看一下着几个基因插入突变对于预后的影响。最后发现DIAPH3-AS1这个lncRNA的插入突变影响肿瘤的预后。
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于是，我们就有了一个课题了。这个课题就大致上就可以是：DIAPH3-AS1对于消化道肿瘤影响。
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