[靶向捕获]统计bam文件的靶向捕获率等信息

探序基因肿瘤研究院

下载bamdst软件，地址：https://github.com/shiquan/bamdst

下载zip文件上传到linux服务器，执行make，就进行编译了，最后生成一个可执行文件bamdst。

执行命令：

./bamdst -p n2.bed -o ./ zjn-1.sort.bam

生成coverage.report,chromosomes.report等文件。

报告示例：

## The file was created by bamdst

## Version : 1.0.9

## Files : xxx.bam

                              [Total] Raw Reads (All reads)    13208614

                                      [Total] QC Fail reads    0

                                        [Total] Raw Data(Mb)    1981.29

                                        [Total] Paired Reads    13208614

                                        [Total] Mapped Reads    13198598

                            [Total] Fraction of Mapped Reads    99.92%

                                    [Total] Mapped Data(Mb)    1979.79

                        [Total] Fraction of Mapped Data(Mb)    99.92%

                                    [Total] Properly paired    12882158

                        [Total] Fraction of Properly paired    97.53%

                                [Total] Read and mate paired    13189774

                    [Total] Fraction of Read and mate paired    99.86%

                                          [Total] Singletons    8824

                      [Total] Read and mate map to diff chr    126564

                                              [Total] Read1    6604307

                                              [Total] Read2    6604307

                                        [Total] Read1(rmdup)    6602581

                                        [Total] Read2(rmdup)    6596017

                                [Total] forward strand reads    6600701

                              [Total] backward strand reads    6597897

                                [Total] PCR duplicate reads    0

                    [Total] Fraction of PCR duplicate reads    0.00%

hg38转换hg19参考基因组：

参考：简书-hg38 坐标转换到 hg19 坐标

参考：

CSDN-【一起学生信】bam文件统计覆盖深度、靶向捕获效率