using namespace seqan

当我们想把seqan作为第三方库，比如说想用using namespace seqan;
官方文档为：
Integration with your own Build System
其中makefile.rules内容在我的机器上是：

SRC=/home/wangjing/Downloads/wj_Pro/seqan_test/src

CXXFLAGS+=-I/home/wangjing/Downloads/SeqAn/seqan-library-2.0.0/include -std=c++14

default: all

all: main

main: main.o

$(CXX) $(LDFLAGS) -o main main.o

main.o: $(SRC)/main.cpp

$(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o main.o $(SRC)/main.cpp

clean:

rm -f main.o main

.PHONY: default all clean

其中，很重要的一句话是：add include and include to your include path，也就是要实现这个命令：

g++ -I$HOME/seqan-libarary/include

在这里它说的两个include，哪儿来的两个？我就写了一个！seqan的library文件里的include，里面全是.h文件。不用考虑下载seqan的source file. 因为seqan只是一个头文件lib！

SeqAn is a header library only. Simply add include and include to your include path and you can use SeqAn

原文档有句话写着：

On Linux, you have to link against librt. For GCC, add the flag -lrt to the g++ compiler call.

我曾经错误地将这个-lrt的flag加到 $LDFLAGS里，有问题。
-lrt一般用在其他命令后面，比如

ls -lrt

意思是从旧到新列出目录里的内容（从新到旧事 ls -lt），具体地看：

-l use a long listing format 以长列表方式显示（详细信息方式）
-t sort by modification time 按修改时间排序（最新的在最前面）
-r reverse order while sorting （反序）

官方文档里的其他三个makefile文件就照抄，没有问题。不要给g++多加参数比如它嘟囔的

-W -Wall -Wno-long-long -pedantic -Wno-variadic-macros

它只是防止出现一些warnings ，在开始学习阶段没有太大必要。