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【数据库>>PROMO】寻找启动子的TF

【数据库>>PROMO】寻找启动子的TF

作者: 高大石头 | 来源:发表于2021-06-14 22:34 被阅读0次

    1.启动子预测

    1.1 UCSC Genome Browser

    进入UCSC Genome Browser在里面输入目标基因,如ENST00000438158.1


    出现这个界面后,选LINC01705

    接着选取Genomic Sequence

    最后设置前2000和后100为启动子区域
    设置前2000和后100为启动子区域

    输出启动子区域


    2.TF预测

    预测网站:PROMO

    种属选择
    输入启动子区域
    注意:输入启动子序列时,不带">"部分内容。
    产生的结果

    3.真实案例

    PMID: 33664479

    参考资料:

    1. 启动子以及转录因子预测
    2. Long noncoding RNA ERLR mediates epithelial-mesenchymal transition of retinal pigment epithelial cells and promotes experimental proliferative vitreoretinopathy

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