1.内含子剪切的鉴别

可变剪接——内含子的剪辑的筛选
将所有依赖软件先安装好，并添加环境变量

/home/csiv149/software/samtools-1.16.1/
/home/csiv149/software/STAR/source/
/home/csiv149/software/bwa
/home/csiv149/software/FastQC
/home/csiv149/software/IRFinder-1.3.0/bin
/home/csiv149/software/subread-2.0.3-source/bin

安装旧版本

cd /home/csiv149/software/IRFinder-1.3.0/REF

旧版本不好用，所以最终还是决定使用新的版本。
安装：很简单，按照protol完成，然后将路径添加到环境变量中。

/home/csiv149/software/IRFinder-2.0-beta/bin

构建参考基因组
总共有三种构建基因组的方法，但是另外的两种需要寻找在线的数据库，总是报错。
所以提前从数据库下载genome和gtf文件。
注意：两个文件的名字必须是genome.fa和transcripts.gtf

nohup IRFinder BuildRefProcess -r /home/csiv149/data/Byran/reference 2>&1 &

使用示例数据开始分析，可以是fastq数据，也可以是bam数据。
bam数据可以是sort的也可以是undort的。

nohup IRFinder BAM -r /home/csiv149/data/Byran/reference \
-d test \
/home/csiv149/data/Byran/bam/130128_ACTTGA_L001.Aligned.sortedByCoord.out.bam 2>&1 &

示例数据运行成功之后，需要将Ying之前处理的bam数据拷贝到我的文件夹下。
筛选colon的配对ide数据，并拷贝到新的目录

find /home/projects/11000039/csioan/labShare/TCGA/RNA/STAR_aligned/ -iname "808a463e-8071-4fae-8d89-bf3bdba8e0dd" -type d -exec cp -r {} ./ \;

将NSCC上的数据拷贝到Elmo服务器，方便分析

scp -r remote_username@remote_ip:remote_folder local_folder 

scp -P 22 -r csiliyi@nus.nscc.sg:/data/11000039/liy/xiejinghe/ /home/csiv149/data/Byran/bam

报错啦，心累。

Unable to negotiate with 137.132.10.101 port 22: no matching host key type found. Their offer: ssh-rsa,ssh-dss

查了很多资料都是打开ssh config文件，录入下面的内容。

scp -P 22 -oHostKeyAlgorithms=+ssh-dss -r csiliyi@nus.nscc.sg:/data/11000039/liy/xiejinghe/ /home/csiv149/data/Byran/bam

还有个终极解决办法就是在~/.ssh/config 中配置
“HostKeyAlgorithms +ssh-dss”
也可以试试。